国有土地上房屋征收与集体土地上征地拆迁适用的法律法规不同，补偿方式不同。国有土地上房屋征收适用的法律是国务院590号令，即《国有土地上房屋征收与补偿条例》和各地政府依据该法规制定的《房屋征收实施则》。集体土地征地拆迁适用法律是《中华人民共和国土地管理法》和各地政符依据该法制定的《征地拆迁补偿办法》。国有土地上房屋征收补偿是对房屋进行评估与补偿，其中包括土地价值的补偿。补偿对象是房屋的所有权人，与家庭人口的多少没有关系。集体土地征地拆迁土地属集体的对个人不补偿，只对地面上建筑物及其附属物进行评估补偿。土地是按本村集体经济成员分配宅基地，一户人家只能分一块宅基地，面积大小按人口的多少分配。村集体有公共积累的在征地拆迁时可以按人口享受一定的补贴或集体建房按人口分配。
（一）所有权人不同：国有土地的所有权人是中华人民共和国的全体公民，任何一个中国公民均是国有土地的共有人，国有土地属于“大众”所有，由人民政府代表全体中国公民行使所有权。集体土地的所有权人是农业集体经济组织（以下简称“集体组织”）成员，非集体组织成员对该集体组织所有的土地不享有所有权，故集体土地属于“小众”所有，一般由集体组织代表其成员行使所有权。
（二）用途不同：根据现行法律规定，国有土地使用方式主要有2种，一是他用，即通过使用权出让或划拨，用于经济发展或社会发展;一是生产工作自用，用于建造办公场所、公益设施等。目前，自用的国有土地不能用于生活、经营用途，如建造住宅、酒店等。集体土地的使用方式也可分为两种，他用与国有土地类似，即将使用权转让、出租，获取收益;自用方面则与国有土地不同，除了可以生产工作自用外，还可以进行生活、经营自用，如作为宅基地分配给成员、建设集体住宅、娱乐设施、经营设施等。
（三）收益渠道不同：由于政府自用的国有土地不能用于经营，故国有土地的收益主要来自出让使用权获得的出让费。集体土地收益渠道则更加宽广，既有使用权他用的转让、出租收益，又有自用土地及其附着物经营收益。
（一）补偿标准不同。
集体土地上房屋的征收一般采取重置成本进行补偿，实践中各地普遍根据房屋的性质、结构、使用期限等因素确定具体的补偿标准。国有土地上的房屋征收补偿则采取由评估机构评估的市场价格进行补偿。
（二）权利人救济渠道不同。
《土地管理法实施条例》第25条规定，集体土地征收时，“对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。”采取裁决的方式解决补偿纠纷。而国有土地上房屋征收时，按《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，“被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。”
（三）对于已经完成土地征收，但未给予房屋补偿、且房屋所在地已经纳入城市规划区的原集体土地上的房屋，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定进行补偿。
针对实践中遇到的土地征收已经完成、但是房屋补偿尚未完成的历史遗留问题，2011年最高人民法院出台的《关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第12条第2款规定：“征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。”因此，如果土地征收结束时没有进行安置补偿或者未足额补偿的，并且房屋所在地纳入城市规划区的，当事人可以请求按照国有土地上房屋征收的补偿标准进行补偿。
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