合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。
如果是自然人合伙人则不用按工资薪金所得缴纳个人所得税，只需要按照个体工商户的生产经营所得按月或者按季预缴按年汇算清缴个人所得税。实行查帐征收投资者缴纳的个人所得税，按年计算，分季预缴，由投资者在每季度终了后15日内预缴，并向主管税务机关报送《查帐征收个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税年度（季度）申报表》。年度终了后3个月内汇算清缴，多退少补，同时向主管税务机关报送《查帐征收个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税年度（季度）申报表》，并附送年度会计决算报表和预缴个人所得税纳税凭证。
（一）企业所得税的申报期限
2008年1月1日起施行的企业所得税法第五十四条规定：
1、企业所得税分月或者分季预缴。
2、企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，无论盈利或亏损，都应向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。
3、企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
4、企业在报送企业所得税纳税申报表时，应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。
5、纳税人在规定的申报期申报确有困难的，可报经主管税务机关批准，延期申报。
我国新《合伙企业法》第6条规定：合伙企业的生产经营所得和其他所得。按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。这一有关合伙企业所得税的专门规定，结束了我国合伙企业所得税制方面的基本法律长期缺位的状况。在扩展了合伙企业类型的同时，也使得合伙企业所得税制在新法的框架下得到了整合和统一。根据新《合伙企业法》，合伙企业所得税制彻底贯彻了“流经”原则。合伙企业在税收中仅起“导管”的作用，其本身并不能成为纳税主体，而合伙人才是真正的纳税人。由此，合伙企业被视为“透明的实体”，其经营所得应分配到各合伙人手中，由各合伙人根据其自身情况缴纳所得税。个人合伙人依据个体工商户所得缴纳个人所得税，法人合伙人依据《企业所得税法》缴纳企业所得税。但是，我国目前尚未出台与新《合伙企业法》的规定相配套的合伙企业所得税实施细则，实务操作的法律依据依然是国家税务总局于2000年颁布的《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（以下简称《规定》）。《规定》所确定的制度虽然也贯彻了“流经”原则，规定合伙人而不是合伙企业为所得税的纳税主体，但其中的很多内容存在着较大的缺陷，并且有些内容已经完全过时。
首先，《规定》确定的纳税主体类墅单一，定位也较为模糊。《规定》在合伙企业所得税的纳税主体的界定方面具有先天的缺陷。从《规定》的名称可以看出，合伙企业所得税的纳税主体只能是个人合伙人，缴纳个人所得税。而随着新《合伙企业法》对有限合伙的确认，法人合伙人的法律地位已经确定，其也势必会在我国大量出琨。因此，依照《规定》的内容，新近出现或将要大量出现的法人合伙人的所得税问题，并无相应的法律加以规制，其并不在现行合伙企业所得税制的纳税主体范围之内。此外，在现行合伙企业所得税制中，合伙企业仅被视为传导“所得和损失与费用”的“导管”，合伙企业实体本身并不承担相应的税收义务和责任，因而导致合伙企业所得税征收管理中的偷、漏税情况严重，并且效率低下。
其次，现行合伙企业所得税制关于所得税税基的确定虽然具有一定的合理性。但仍存在较大的税收漏洞：根据《规定》的规定，合伙企业以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额作为其生产经营所得，然后再按照合伙协议约定的分配比例确定各合伙人的应纳税所得额（税基）。这种先计算净所得再分配给合伙人的确定税基的方法，可以避免在合伙人之间进行复杂的核算。以确定各合伙人的所得和损失，具有一定的合理性。但是，这一确定税基的方法却有着致命的缺陷，即这种收入成本的分配并没有紧密结合各合伙人在合伙企业中的产权基值和实际经营活动，尤其是亏损的分配，它有可能超过合伙人在合伙企业中的产权基值。这种对所有亏损不加区分均给予扣除的做法，会最终导致税款的流失。
再次，我国目前的合伙企业所得税制中尚无明确具体的反避税规则和措施，仅有的相关内容体现在新《合伙企业法》第33条所规定的合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者部分合伙人承担全部亏损，以及《规定》第1l条所规定的合伙企业的关联交易应当按照《税收征收管理法》进行限制和调整，前者能够有效防止利用“特殊分配”以规制部分合伙人纳税义务的情形出现，而后者则是一般关联交易反遗税规则在合伙企业所得税中的运用。而对于市场上可能出现的将合伙企业作为避税工具的各种行为，我国现行的合伙企生所得税制依然是无能为力的。
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