《劳动合同法》第二十五条规定：“除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。”
第二十二条规定：“劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。”
第二十三条规定：“劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。”
第二十二条规定是劳动者违反服务期约定支付违约金的情形，第二十三条规定是劳动者违反竞业限制约定支付违约金的情形。
只有这两种情形才能与劳动者约定由劳动者承担违约金，保守商业秘密不属于以上两种情形，所以不能在保密协议中约定违约金。不能约定违约金不代表不能要求赔偿，用人单位可以在保密协议中对赔偿的计算方法进行明确，再加上相应的损失证明，同样可以达到要求赔偿的目的。
违约金对于违约方来说是到期债务，违约方要按合同约定向对方当事人支付违约金。
第五百八十五条 【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
可以独立，不是一定独立。
《中华人民共和国民法典》第四百七十条 【合同主要条款与示范文本】合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。其中违约责任并非必须有的内容，所以违约责任条款可以独立于合同。
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