（一）质量不合格、未完成工程的工程价款结算问题
（二）工程变更后的工程价款结算问题
工程变更，是指因设计文件或技术规范改变以及业主需求的变动，导致合同内容、范围等在施工中发生变更的情况。实践中，一般是建设工程工程量或者质量标准发生变化。如果工程发生变更，双方对于变更为口头约定或者变更后的结算方式约定不明的，双方在案件审理过程中多会产生争议。
（三）因工程价款计价标准或结算方式约定不明产生的结算纠纷
价款结算是工程合同的核心内容之一，一份合同对此完全未作约定实难想象，但是虽然有价款结算条款但约定不明的情形却并非罕见。例如，约定了总造价，却又约定竣工后据实结算，那么究竟是固定总价合同还是固定单价合同?据实结算的计价标准是什么?是根据定额标准、工程量清单还是市场标准?等于没有约定
（四）因工程量或者质量标准变化产生的结算纠纷
（五）已送审价为准的结算纠纷
（六）竣工决算时间的争议引发纠纷
（一）当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
（二）当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
（三）当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
（四）当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。
工程款纠纷的解决，总的来说，从解决途径来讲，首先应双方协商，协商不成的通过诉讼活仲裁解决。要解决工程款纠纷从实体上讲，要对症下药就是根据纠纷的不同类型，采取不同的解决方法。下面笔者针对工程款纠纷不同类型，举例谈一下纠纷的解决。
（一）发包方拖欠工程款违约纠纷的解决对策
这类纠纷中，发包方往往是摆出一副死猪不怕开水烫的架子，反正是没钱，随便你折腾。对这类的发包方，如果真是查不到其他财产，那么只好对所建工程下手：第一种办法，双方协商把工程项目折成工程款变更到承包方名下。笔者曾操作一起这种案子，合同约定工程承包方垫资建设至五层发包方才开始支付的进度款。工程施工过程中，承包方把工程建设到了五层，发包方出现因其他纠纷导致资金困难无法支付进度款，经调查，该发包方确实难以日后结算，最后经双方协商，把已经建成的五层和包括土地使用权等其他关联财产作价7000万，由承包方买下该在建项目继续建设，承包方变成了开发商。这确实是无奈之举。第二种办法，利用优先受偿权规则，将项目拍卖受偿。
根据《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》【法释〔2002〕16号】规定：人民法院在审理房地产纠纷案件和办理执行案件中，应当依照《民法典》相关的规定，认定建筑工程的承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权。
（二）竣工结算报告争议引发的工程款纠纷对策
工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算。建设工程领域一般倾向于采用格式化的建设工程承包合同。这些格式合同中一般都包含决算异议期限，即发包方收到承包方决算报告后在10天内必须提出意见，逾期无答复视为同意。
但实际情况往往使得发包方不可能在规定时间内作出反应。有时发包方资金没有调动到位，为了扣押决算书拖延支付时间，往往通过非授权职员收件，最后收件人自己承认未能转交授权人员，自然也无法反应。而承包方认为发包方收到决算书后，在约定时间内未提出意见，根据合同规定，决算书已经生效，要求立即结算付款，而发包方则以授权人员未收到决算书，或者审核需要时间或声称已经聘请中介机构进行核算相抗辩。
对此，笔者建议将结算文件用特快专递向发包方项目负责人邮寄并公证该过程。值得注意的是，需要给发包方一个合理的审查时间。 财建[2004]369号《建设工程价款结算暂行办法》规定可做参考：单项工程竣工后，承包人应在提交竣工验收报告的同时，向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，发包人应按以下规定时限进行核对（审查）并提出审查意见。
发包人收到竣工结算报告及完整的结算资料后，在《建设工程价款结算暂行办法》规定或合同约定期限内，对结算报告及资料没有提出意见，则视同认可。 竣工结算报告如果得到确认，承包人向发包人申请支付工程竣工结算款。发包人应在收到申请后15天内支付结算款，到期没有支付的应承担违约责任。承包人可以催告发包人支付结算价款，如达成延期支付协议，承包人应按同期银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息。如未达成延期支付协议，承包人可以与发包人协商将该工程折价，或申请人民法院将该工程依法拍卖，承包人就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
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