双方补充协议只签字是否有效要看具体情况。如果是自然人的话，本人签了字但没有按手印的，该补充协议仍然有效；但是如果是公司的，就需要盖上公章，或者是根据合同约定的内容，有法定代表人的签字也有效。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。
时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。
补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
补充协议需要双方签字才会产生法律效力，一方签字没有效力。
《民法典》
第四百九十条【合同成立时间】当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
第五百零二条【合同生效时间】依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
第五百四十三条 【协议变更合同】当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条 【变更不明确推定为未变更】当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
以上就是找法网小编为大家整理的关于补充条款的双方签字有效吗的相关法律知识了。综上可知，补充条款是需要双方都签字认可才可以的，否则就可能没有效力的。如果您还有其他疑问，欢迎咨询找法网，我们会有专业的律师为您解答。
