（一）从相同点来讲，二者都是让债权人尽快行使权利的目的。
1、所谓保证期间就是保证人在合同约定当中要承担自己保证义务的期间，在这个期间之内，债权人可以要求保证人来行使他的保证义务，如果超过了这个期间的话，那么债权人是没有权利要求保证人来行使自己义务的，所以就是对于债权人权利的一种督促，超过这个时间的话，那么就会对自己很不利。
2、而债务的诉讼时效，同样也是对于债权人来讲，只不过这是对于整个债务体系而言，与保证人没有什么太大的关系。总之，二者的核心目的就是让债权人在一定的时间之内来履行自己的权利，如果超过这个时间的话，法院不予支持。依据规定 一般保证的保证人与债权人未约定保证期间的，保证期间为主债务履行期届满之日起六个月。连带责任保证的保证人与债权人未约定保证期间的，债权人有权自主债务履行期届满之日起六个月内要求保证人承担保证责任。在合同约定的保证期间和前款规定的保证期间，债权人未要求保证人承担保证责任的，保证人免除保证责任。
（二）从不同点来讲，两者主要有两个不同。
第一，二者的客体不同。
1、保证期间，债权人能够催促的债权是保证人的权利和义务，也就是说在这个时间之内，他只能要求保证人来承担他的保证责任，具体的保证责任应当是已经规定在合同当中的，而不可以有其他的权利来要求别人做什么样的事情，这是保证期间的客体。
2、而整个债务的诉讼时效是对于这个债权来，如果债务人或者是保证人没有按合同来约定自己的义务的话，也就是属于违约行为，甚至可能造成侵权，那么这个时候就可以对整个债务的债务人，对债务本身来提起诉讼，这个诉讼与之前的保证期间是不太一样的。
第二，两者的时间长短不同。
如果是保证期间的话，法律规定是合同当中约定了就按照合同当中约定的来，如果没有约定的话，法定的保证期限为六个月，也就是说在六个月之内要行使自己的保证义务，而对于诉讼时效来讲，适用一般性的规定就好，也就是债务的诉讼时效为三年，适用普通民事诉讼时间。
保证债务诉讼时效期间是三年。保证债务，是指保证人根据保证合同所应承担的拒保责任，即当债务人不能履行主债务时，由保证人代为履行。保证人的保证债务有两种：一是在主债务不能履行时，由保证人代负履行责任；二是在主债务不能履行时，由保证人与债务人负连带赔偿责任。
在保证人与债权人的相互的关系中，保证人对债权人负担的是保证债务，相对应，债权人对保证人享有的保证债权，此债权具有特殊性，保证人在保证合同中所允诺的义务对债权人而言只是期待权，并不具有现实的效力。换言之，债权人只有在主债务履行期届满后向保证人发给给付要求时，债权始生效力。而一般债权的请求权，只要债务履行期限届至，债务人就有履行给付的义务，就发生效力，不以债权人发给给付要求为生效条件。
保证期间是为保证人利益而设的，众所周知，保证人在保证主债权债务关系中只有义务而无权利，保证期间的价值就在于维持原事实状态，(即债权人不享有现实请求权)，而对否定原事实状态的权利的行使进行期限界定，而这种权利也就称为形成权，它的行使使双方之间形成了现实债权债务关系，使保证债权的请求权得以成立。
从本质上来说，保证期间针对的是债权人形成权的行使期限。
一般说来，诉讼时效应从权利人能够行使请求权时起算，而权利人之能够行使请求权，从客观上看，必须权利确受侵害；从主观上看，必须权利人知道或应当知道权利被侵害。所以《民法典》第188条规定：“诉讼时效期间从知道或应当知道权利被侵害时起计算。”我国民法对诉讼时效后果的处理，是使当事人仅丧失请求法院强制保护其权利的可能性，但实体权利本身仍然存在，此时的权利沦为自然债，不在法律强制范围之内。债权人在保证期内要求保证人履行给付后，保证人不履行债务的，进入保证债务诉讼时效期间。
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