（一）在开启工程审计前，需要收集相关资料，以及填写施工单位提交审计资料的接收清单。同时要对相关审计资料进行登记，之后再对工程项目情况做审前调查。这些是开启工程审计最为关键的一步。
（二）做好审计准备。由审计主审制定审计方案，审计方案为表格或文本式。再由主审草拟通知书，其中包含资料清单、承诺书、廉洁反馈、审计公示等。而后再由分管局长进行签发。
（三）实施工程审核，对审计程序、质量，以及工程进度进行跟踪检查。对审计地点进行核对后，再将现场测量结果进行记录。整理审计资料后，再由财务审计编写审计底稿，而后交于审计组长进行复核。
（一）应在建设项目正式立项时，即将其纳入审计视野，关注其各项前期准备工作。正式进点时间可安排在即将正式开工前。
（二）审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，参加被审计单位的重要例会，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并且作好会议记录。
（三）对中标合同价进行控制，不允许施工现场随意变更设计、增项、减项、扩大工程造价；对工程用料，隐蔽工程进行质量和数量监控，防止施工单位偷工减料或以次充好。所有隐蔽工程除应有甲方施工现场管理人员、监理人员签字外，还必须有跟踪审计人员签字。
（一）审计合同履行情况。审计与建设项目有关的单位是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程。如有变更、增补、转让或终止情况，应检查其真实性、合法性。
（二）审计内控制度建立、执行情况。审计建设单位是否建立健全并执行了各项内控制度。如工程签证、验收制度；设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度；费用支出报销制度等。应督促、指导建立完善的管理制度，保证项目建设规范运行、建设资金合法使用。
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