由城市规划部门拆除违章建筑。
法条依据：《城市规划法》第四十条：“在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证件或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上人民政府城市规划行政主管部门责令停止建设；
限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施；影响城市规划，尚可改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令限期改正，并处罚款。”
依据我国现行法律，拆除违法建筑将不予以拆迁补偿。因此，对违法建筑的认定查处也就格外重要。而对违法建筑的认定和查处权取决于违法建设行为成因。成因不同，执法主体也会不一样。针对不同的违法情形，拆迁律师总结，有权查处违法建设（建筑）的单位大致可以分为以下几类。
（一）县级以上地方人民政府土地行政主管部门——国土资源管理局
有权代表国家行使土地管理权，对违法占地建设行为享有查处权。存在《土地管理法》第七十四条、第七十六条和第七十七条规定的违法占地建设情形之一的，国土局可依法作出处罚决定，责令限期改正、治理、停止施工或责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。但拆迁律师提醒大家，国土局没有强拆权，不能自行强制拆除违法建筑和设施。当建设单位或者个人在诉讼期满不起诉又不自行拆除的，应该依据《土地管理法》第八十三条之规定，申请人民法院强制执行。
（二）县级以上地方人民政府城乡规划主管部门——城乡规划局
有权对城市规划区内违反规划建设行为和非法临时建设（建筑）进行查处。根据《城乡规划法》第六十四条和第六十六条规定，对在城市规划区内未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设以及非法临时建设（建筑），可以结合具体情形作出责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除及没收实物或者违法收入等行政处罚。但当事人不按照处罚决定要求停止建设或拆除的，城乡规划局不能径行拆除，需要按照《城乡规划法》第六十八条的规定，向建设工程所在地县级以上地方人民政府提出申请，由县政府责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
（三）乡、镇人民政府
系乡、村庄规划区内违反规划建设的行为查处主体。按照《城乡规划法》第六十五条规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
（四）工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门——住房和城乡建设局（委）
对未依法办理施工许可手续进行建设的违法行为，有权按照《建筑法》第六十四条之规定，作出责令改正、停止施工及罚款等处罚决定。
（１）处罚款，罚金，追缴、没收财产或者违反国家规定征收财物，摊派费用的，返还财产；
（２）查封、扣押、冻结财产的，解除对财产的查封、扣押、冻结，造成财产损坏或者灭失的，能恢复原状的恢复原状，不能恢复原状的，按照损害程度给付相应的赔偿金；
（３）应当返还的财产损坏的，能够恢复原状的恢复原状，不能恢复的，按照损害程度给付相应的赔偿金；
（４）应当返还的财产灭失的，给付相应的赔偿金；
（５）财产已经拍卖的，给付拍卖所得的价款；
（６）吊销许可证和执照、责令停产停业的，赔偿停产停业期间必要的经常性费用开支；
（７）对财产权造成其他损害的，按照直接损失给予赔偿。
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