土地增值税中涉及的扣除种类主要包含三种，分别为取得土地使用权所缴纳的印花税、销售房地产时产生的印花税、转让环节印花税等。
（一）取得土地使用权所缴纳的印花税：
房地产开发企业，购买土地使用权所支付的印花税，在管理费用中核算，在计算土地增值税时包含在房地产开发费用中扣除，不单独作为税金扣除。
非房地产开发企业，其购买土地使用权所支付的印花税计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
（二）销售房地产时产生的印花税：
房地产开发企业，销售新建房以及转让经开发后的土地使用权，印花税计入“管理费用”扣除;销售非自建存量房以及直接转让未经开发的土地使用权，印花税计入“与转让房地产有关的税金”扣除。
非房地产开发企业，印花税计入“与转让房地产有关的税金”扣除。
（三）如果是单纯转让未开发的土地无论是房地产企业还是非房地产企业，转让环节印花税都在转让环节的税金中扣除。购入时的印花税，房地产企业在管理费用中扣除。非房地产企业计入到取得土地使用权支付的价款中扣除。
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令[1993]138号）
第二条转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。的规定贵公司不是纳税义务人可不缴纳土地增值税。
根据《中华人民共和国契税暂行条例》（国务院令[1997]224号）
第一条在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳契税。贵公司应该缴纳契税。根据第三条契税税率为3—5%。契税的适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的幅度内按照本地区的实际情况确定，并报财政部和国家税务总局备案。贵公司可以到土地所在地区的土地管理部门查询。
第一，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定：“计算增值额的扣除项目”：
（一）取得土地使用权所支付的金额;
（二）开发土地的成本、费用;
（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格;
（四）与转让房地产有关的税金;
（五）财政部规定的其他扣除项目。”
第二，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定：“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。
基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的5%以内计算扣除。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。
上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
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