（一）违章（法）建筑认定主体法律缺位，现实中乱了套；
（二）是否违建到底由哪个政府部门进行认定，法律法规并未明确；
（三）在实践中不同地区认定的主体五花八门，有国土、建设、城管、公安、乡镇政府，甚至财政局、拆迁部门对当地房屋认定为违章建筑进行处罚。在一些地区还出现过多头认定的问题。
（一）未取得建设工程规划许可的、超过许可建筑面积或高度的建筑在已竣工验收的建设工程用地范围内擅自新建、搭建，或利用建设工程擅自新建、搭建的建筑。
（二）也就是说，在小区楼顶搭建花园、住宅一楼扩建车库或院子都属于违法建筑，按《规定》应当认定为无法采取改正措施消除影响，由城乡规划主管部门责令限期拆除，并依法处以罚款。
（三）另外，存在建筑安全隐患、影响相邻建筑安全，或者导致相邻建筑的通风、采光、日照无法满足国家和省有关强制性标准的；侵占过境公路、城镇道路、消防通道及人防救灾、广场、公共绿地等公共设施、公共场所用地的违法建筑也将按规定责令拆除并处以罚款。
（一）对于住宅小区内的违法建设行为，不动产管理部门、金融部门等将不予办理房屋所有权证或转让、抵押、贷款等手续。如果是利用违法建筑作为生产、经营场所申请办理相关证照、登记或者备案手续的，违法建筑整治决定执行完毕前，将不予办理相关经营许可及供水、供电、供气等手续。如果违法建筑当事人是国家工作人员并拒不拆除，将提请有关部门依法给予处分。
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