原告一方向法院提交起诉状，写明确认合同无效的请求、理由。法院审查是否立案，决定立案的，进行开庭审理，在庭审过程中双方质证举证，法庭辩论，最后进行合议庭评议，宣布判决。民法典规定，有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
所谓诉讼时效，是指权利人在民事权利受到侵害的法定时效期间内应当行使一定的请求权，如果超出该时效期间不行使，则侵权人或者债务人便享有抗辩的权利。诉讼时效只是针对债权请求权而言的，即权利人基于债的关系，请求相对人作出某种特定行为的权利。
而合同无效是自始无效，双方并未基于合同产生任何权利义务关系，相互之间均不存在债权请求权，因此，没有适用诉讼时效的基础。同时，诉讼时效的起算以权利人知道或应当知道权利被侵害为准，而确认合同无效之诉在法院作出生效裁判以前，双方都不能确定是否存在权利被侵害的事实，因此，从这个逻辑上来说，也不可能适用诉讼时效。
另外，合同无效是因为违反了法律法规的强制性规定，严重影响了市场交易的正常秩序，如果适用诉讼时效，那么经过一段时间后，无效合同不能被确认无效，岂不是就达到了合同生效后的法律效果，这就严重违背了我国法律的立法宗旨。
因此，确认合同无效不受诉讼时效的限制。
《民法典》关于合同无效的法律后果规定：第一百五十七条 【民事法律行为无效、被撤销或确定不发生效力的法律后果】民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
（一）返还财产。返还财产，是指合同当事人在合同被确认为无效或者被撤销以后，对已经交付给对方的财产，享有返还财产的请求权，对方当事人对于已经接受的财产负有返还财产的义务。
（二）折价补偿。折价补偿是在因无效合同所取得的对方当事人人的财产不能返还或者没有必要返还时，按照所取得的财产的价值进行折算，以金钱的方式对对方当事人进行补偿的责任形式。
（三）赔偿损失：根据《民法典》之规定，当合同被确认为无效后，如果由于一方或者双方的过错给对方造成损失时，还要承担损害赔偿贪任。此种损害赔偿责任应具备以下构成要件：
１、有损害事实存在；
２、赔偿义务人具有过错；
３、过错行为与遭受损失之间有因果关系。
以上就是找法网小编为大家整理的关于法院确定协议无效的程序的相关法律知识了。综上可知，法院确定协议无效一般是原告一方提出申请，经过双方质证来确认。如果您还有其他疑问，欢迎咨询找法网，我们会有专业的律师为您解答。
