司法实践中，常见的处理方式有以下几种：
（一）依据证据规则驳回患方的诉讼请求
《侵权责任法》第五十四条确立了医疗损害责任实行过错原则，患方应对医方的诊疗行为存在过错以及过错行为与患方的损害结果之间存在因果关系承担举证责任。如患方拒绝申请进行医疗损害鉴定，法院可判决患方承担举证不能的法律后果。
（二）依据公平原则酌情分担损失
虽当事人拒绝司法鉴定导致要件事实不能查明，但患方受到的损害结果客观存在的。根据《民法通则》第一百三十二条及《侵权责任法》第二十四条确定的公平责任，法院可酌情由双方分担损失。
（三）责令医方承担相应的举证责任
患方系在治疗过程中发生损害后果，为保护患方的合法权益，综合双方当事人的举证能力，根据《证据规定》第七条的规定，法院可以确定由医方承担申请司法鉴定的责任。
由于在医疗纠纷中取证比较困难，患者一方为有效地维护自己的合法权益，在及时、有效地收集证据的过程中应当注意以下事项：
（一）发生医疗纠纷时，患者首先要有收集证据的意识，应向医院要求将病历资料立即封存，最好能对封存过程进行公证或请律师作见证。医疗机构没有任何理由拒绝或拖延患者合法要求。
（二）如因抢救急危患者医务人员需补记病历的，补记期间患者方有权要求在场监督。
（三）在复印、封存和启封病历资料及其他证据时，医院、患者双方都应共同在场，如对血液进行封存保留的，还应由医疗机构通知采供血机构派员到场。切记复印和封存所有能复印和封存的资料，并由医疗机构加盖证明印记。
（四）患者方应及时要求进行相关的检验并充分行使自己选择检验机构和检验人员的。
（五）如案件将要或已进入诉讼程序，应及时向法院申请证据保全或调查取证。因为患者能复印的病历资料是有限的，而医院有些病历资料的撰写不需经患者签字确认，迅速对所有病历资料采取保全措施，可以防止病历资料被篡改。
（六）虽然在医疗纠纷中医院负举证责任，但患者也不应消极等待，应尽量收集有利于自己的一切证据。
依据我国相关法律规定，医疗纠纷的当事人如果对医疗事故责任认定有争议的，是可以申请鉴定的，由医学会组织鉴定。
《中华人民共和国医疗事故处理条例》
第二十条 卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定;医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
第二十一条 设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。
必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。
一般来说，医疗事故是很容易引发争议的，如果当事人对医疗事故的处理方式不满意的话，是可以申请医疗鉴定的。以上便是找法网小编为您带来关于医疗纠纷中当事人拒绝司法鉴定怎么办的相关内容，若大家有什么不了解的或者是有其他疑问的可以咨询找法网的律师。
