当法院对违章建筑拆除的法院判决和实际的拆房亩数不一样的，若执行部门拆除了居民的合法建筑，当事人可向就该行为提起行政诉讼，维护自己的合法权利。
法院作出违章建筑拆除的判决的流程一般是：
（一）调查询问、现场勘验。由违章建筑所在地乡、镇人民政府组织相关部门、人员进行调查询问、现场勘验（笔录、照片、测绘、相关审批材料、其它违法占地证据等），确认是否违法、违规。
（二）责令停止违法行为。对违章建筑确认后，由违章建筑所在地乡、镇人民政府责令停止违法行为，予以公告，限期当事人自行拆除。
（三）由区规建局作出行政处罚决定。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款”。
一般是由行政机关经调查取证，确认建筑物违章后，对违章搭建人作出责令停止违法行为通知书，责令其停止违法建设行为。搭建人拒不拆除违章建筑的，行政机关在作出行政处罚决定前，依法向其发出行政处罚告知书，告知拟处罚结果和被处罚人陈述、申辩等权利。法律设定告知程序的主要目的是为了实现处罚公开，保护当事人陈述权、申辩权的充分行使。
当事人逾期拒不拆除的，除法律另有规定外，由行政机关依法申请人民法院强制执行。
根据我国法律的规定如果说，违章建筑属于没有任何批文或证件的建筑，有关部门进行强制拆除之后是不进行任何经济补偿的。如果说，这些违章建筑没有被有关部门执行过强拆，那么在进行过拆除之后，有关部门会根据当地的房价以及物价水平，进行评估之后，做出相应的补偿。
还有一种情况是，当地农村的房子存在违章现象。而在我国农村一般情况下房屋是没有这些产权证件的。对于这种情况来说，我国政府为了维护广大人民群众的利益，政府是会进行一定额度的补偿的。这些房屋的补偿标准一般按照当地有证件的房屋补偿价格进行补偿。如果当地农村没有，不存在有证件的房屋，那么在进行违章建筑拆除之后，我们可以根据有关部门对当地的物价水平作出的评估，来设立一个补偿标准，进行补偿。
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