（一）法律地位缺失
目前，电子票据在《票据法》中尚未确立合法的地位。在实际操作过程中，电子票据的签发和流动、资金划拨、结算，均是网上虚拟实现，电子交易的签章只通过电子签名的形式来实现，但是我国的《票据法》尚未承认经过数字签章认证的非纸质的电子票据的支付和结算方式。因此，电子票据在受到法律方面的保障上，会受到一定的影响。
（二）电子票据的接受度不是特别高
另外，很多企业的管理人员、财务人员，对于电子票据的认可度还是比较有限，适用的范围也不是很广，因此电子票据的流动性会受到一定影响。
（三）出现纠纷取证难
由于电子票据的的格式、核押方式均由商业各银行自行确定的，而作为交易活动的客户方，无法掌握电子票据的真实性，一旦客户和银行之间发生因泄密、被盗、篡改等业务纠纷。
对于使用电子票据的企业或个人来说，当与商业银行发生纠纷时，客户无法取证、取证难，这也加大了客户的风险。
（四）财务上的风险
电子票据在财务上，可能需要转开成纸质票据，而其与直接背书的的纸质票据的转让相比，电子票据的质押转开会同步增加客户应收和应付票据，增加客户的负债率，不利于财务表表的优化。
（五）技术风险
对于电子票据，其还面临电子载体的各种系统性风险。
包括数据文件丢失、系统瘫痪、网络攻击风险等等，这也是电子载体安全问题的共性。
（六）道德风险
电子银行承兑汇票是在出票人（即承兑申请人）以数据电文形式向开户银行提出申请，经承兑银行审批并同意承兑后，保证承兑申请人在指定日期无条件支付确定金额给收款人或持票人的票据。电子银行承兑汇票是纸质银行承兑汇票的继承和发展，电子银行承兑汇票所体现的票据权利义务关系与纸质银行承兑汇票没有区别，不同之处是电子银行承兑汇票以数据电文形式替代原有的纸质实物票据，以电子签名取代实体签章，以网络传输取代人工传递，以计算机录入代替手工书写，实现了出票、流转、兑付等票据业务过程的完全电子化。
电子银行承兑汇票所体现的票据权利义务关系与纸质银行承兑汇票没有区别，不同之处是电子银行承兑汇票以数据电文形式替代原有的纸质实物票据。
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