违法的。医生收医药代表的回扣是违法行为。如果就医中出现了回扣等相关行为您可以直接寻找相关医院医务处，进行举报。
《中华人民共和国刑法》 第一百六十三条 非国家工作人员受贿罪，是指公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的行为。
《刑法》第164条规定：为谋取不正当利益，给予公司、企业或者其他单位的工作人员以财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
行贿人在被追诉前主动交待行贿行为的，可以减轻处罚或者免除处罚当然，这里判刑的条件，是为了不正当利益，如果仅仅是为了医生能够认真、负责的为自己或者自己朋友医治，则不会构成此罪。但是，该医生只要收取，就会受到处分。
刑法第163条规定：公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，处５年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处５年以上有期徒刑，可以并处没收财产。
在医疗机构的药品、器械采购中的商业贿赂行为，如收取药品回扣、赞助费、新药推荐费等，数额较大的，也将以商业贿赂犯罪被追究刑事责任。
可以收集相关的书证、物证、证人证言、视听资料、电子数据等证据来予以证明。
《刑事诉讼法》第五十条规定，可以用于证明案件事实的材料，都是证据。 证据包括：
（一）物证；
（二）书证；
（三）证人证言；
（四）被害人陈述；
（五）犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解；
（六）鉴定意见；
（七）勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录；
（八）视听资料、电子数据。 证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。
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