农村征地补偿款纠纷应该以土地承包经营权纠纷或是农村土地承包合同纠纷为案由立案。
土地承包经营权纠纷，在其项下又分为土地承包经营权确认纠纷和承包地征收补偿费用分配纠纷四级案由，前述８种类型的矛盾纠纷的前７种即确定为此类案由。
村土地承包合同纠纷，在其项下又分为土地承包经营权转包合同纠纷、土地承包经营权转让合同纠纷、土地承包经营权互换合同纠纷等５种四级案由。
农村征地补偿纠纷如果是属于对征收、征用决定及其补偿决定不服的法院会受理。根据法律规定，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的；对征收、征用决定及其补偿决定不服等等。
农村征地纠纷主要的原因是因为对于补偿的经济赔偿类型我国的规定并不具体，再加上我国对于其赔偿的经济补偿标准以及程序还不够成熟，因此在发生此纠纷时，首先自然是通过双方进行协商的方式进行，或是向相关部门需求调解，若是上升到仲裁阶段则当事人应该向相关仲裁机关或是人民法院提起仲裁和诉讼。
《中华人民共和国土地管理法》第四十七条，征用耕地的补偿费包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费；征用城市郊区的菜地，用地单位应当按照国家有关规定缴纳新菜地开发建设基金。
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