1、办理施工许可证是甲方负责办理的，其中有一条就是民工工资保证金的凭证的事。所以是甲方办理。
2、然后甲方再把这笔钱从施工总包单位身上扣下来，就变成是施工单位自己交的了，一般合同中会约定的。
1、工程竣工验收后，建设单位向劳动保障部门办证大厅，提交如下材料：
(1)《关于退还农民工工资保障金的申请》;
(2) 中标通知书和工程竣工验收意见书;
(3) 如工程款已结清，工程结算单复印件及建设单位和建筑业企业共同盖章的工程款已结清的情况说明;如工程款尚未结清，建设单位、建筑业企业共同签订的结算支付或还款计划和如不全面履行结算支付或还款计划愿意承担一切后果的承诺函(还款计划和承诺函均须法定代表人签字、盖公章);
(4) 工程款投诉的处理结果(存在投诉时)。
2、建设单位将上述书面材料和劳动、建设部门分别出具同意退拨工资保障金的意见提交市清欠办，由市清欠办审核后，在退款单位《关于退还农民工工资保障金的申请》中签署同意退拨的意见，并加盖公章。
3、建设单位凭以下材料到市财政局办理退款手续
(1) 经市清欠办同意并已盖章的《关于退还农民工工资保障金的申请》;
(2) 缴纳农民工工资保障金收款收据原件(提供审核)及复印件(一份);
(3) 退款帐户证明(注明退款户名、帐号、开户行);
(4) 必要时应提供的其他证明材料。
4、财政局根据以上材料，将应退付保障金连同相应的利息退入建设单位账户。
请建设单位在办理完上述退还程序后认真核对财务帐目上的款项(已含利息)。
农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的3%向银行专户存储的工资专项资金。保证金根据省、市、县各级项目审批权限实行层级监管，并实行专户存储、专项支取，任何单位和个人不得挪用。
以上就是找法网小编为大家介绍的关于民工保证金由谁来缴纳的相关内容。农民工在外务工是非常不容易的，所以千万不要拖欠这些人的工资，而且现在国家对于拖欠农民工工资的公司整治力度还是比较大的，要是因为这个被处罚的话就不太好了。
