失踪两年后可以注销户口。公民失踪超过一定年限的，由失踪人员家属或单位、村委会向人民法院申请失踪人员死亡，人民法院根据实际情况做出判决后，才可以注销户口。人民法院接到失踪申请后还要向社会公告３个月寻找失踪人，最后以判决方式宣告失踪。《民法典》第四十条：自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。
（一）失踪人员户口注销登记：公民因失踪而宣告死亡的，申报义务人应在法院宣告公民死亡文件标注的行文日期之日起，一个月内申报义务人持本人的公民身份证件、法院宣告公民死亡文件、死亡公民的居民身份证和居民户口簿到其户口所在地公安派出所办理死亡户口注销登记手续。
（二）对于公民死亡、服现役、定居国（境）外等情形的，应当办理注销户口手续。
（三）在以前办理结婚手续后女方户口会办理注销然后转移到男方户口上，有时因为过早注销导致登记到男方户口上出现问题，目前这种情况基本不会再出现。
申请人民法院宣告公民失踪，必须具备三个条件：
（一）必须有公民下落不明满２年的事实。所谓下落不明，是指公民最后离开自己住所或居所地后，去向不明，与任何人都无联系，杳无音讯。
（二）必须是与下落不明的公民有利害关系的人向人民法院提出申请。
（三）必须采用书面形式提出申请。
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