根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税【2000】91号）第4条规定：个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％～35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
（一）企业所得税的申报期限
2008年1月1日起施行的企业所得税法第五十四条规定：
1、企业所得税分月或者分季预缴。
2、企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，无论盈利或亏损，都应向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。
3、企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
4、企业在报送企业所得税纳税申报表时，应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。
5、纳税人在规定的申报期申报确有困难的，可报经主管税务机关批准，延期申报。
1、纳税主体
合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。
合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；
合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
2、纳税原则
合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。
前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
先分后税只是相较于企业所得税的一种原则。就是合伙企业自身不需要缴纳所得税，所有所得按照合伙人的比例计算至各个合伙人，计算各个合伙人的所得税。而且其中的“分”并不是直接分配所得的意思，而是一个计算过程。即在税收处理上，将合伙企业的利润按相关规定计算至每个合伙人个人名下，以合伙人作为纳税主体计算纳税所得。
3、合伙人所得计算
合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
（1）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
（2）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
（3）协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
（4）无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
此段基本和合伙企业法的相关条文一致，体现了合伙企业人合的主旨。
4、应纳税所得额的计算
按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）及《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）计算。
（1）财税[2000]91号规定
个人所得税税目及税率
个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
前几年部分地区吸引投资的LP个人按照20%征收的规定正在逐渐消失。虽然部分地区还在搞擦边球，但是这个其实属于下位法违反上位法，虽然有些地方给了税收优惠，其实是无效的。
前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。
个人所得额的计算
个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。
前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
投资多个单位的处理
投资者兴办两个或两个以上企业的（包括参与兴办，下同），年度终了时，应汇总从所有企业取得的应纳税所得额，据此确定适用税率并计算缴纳应纳税款。
投资者兴办两个或两个以上企业的，根据本法规第六条第一款法规准予知除的个人费用，由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除。
企业的年度亏损，允许用本企业下一年度的生产经营所得弥补，下一年度所得不足弥补的，允许逐年延续弥补，但最长不得超过5年。
投资者兴办两个或两个以上企业的，企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。
扣缴义务人
投资者应向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将个人所得税申报表抄送投资者。
根据上海目前金税3期上线的情况，合伙企业在月度申报的时候，需要填写所有自然人合伙人的身份证信息，并且要求关联银行卡，税金将直接从个人账户扣除，不再由合伙企业代缴。这一重大变化会给个人合伙人的现金流产生重大影响，会对基金LP产生不少的影响，也会影响后续的运作。
（2）财税[2008]65号规定
个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业自然人投资者本人的费用扣除标准统一确定为42000元/年（3500元/月），投资者的工资不得在税前扣除。
个体工商户、个人独资企业和合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。
个体工商户、个人独资企业和合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2%、14%、2.5%的标准内据实扣除。
个体工商户、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入15%的部分，可据实扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
个体工商户、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。
后来补了一个文件（国税函[2001]84号）对分回利息、股息、红利的征税问题进行了明确。
个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《财税[2000]91号》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
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