1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。
2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。
3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导。
4、严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。
5、加强隐蔽工程的检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。
6、及时解决工程中的索赔问题。
7、结算时，力争不漏算，不错套定额，不乱取费，并委托具有资质的造价咨询机构进行结算、委托资深望重的造价工程师主持结算工作。
8、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为，不瞎指挥。
1、协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2、调解
合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、仲裁
合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。
一、建设工程不同部位质量缺陷纠纷案件诉讼时效
1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为二年。
2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算;如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。
3、如合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。发包人未经竣工质量验收或验收不合格便擅自使用工程，丧失主张一般部位和重要部位的诉讼时效，司法解释第13条对此有明确的规定。
4、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：
（1）工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少2年的保修年限后二年;
（2）工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少5年的保修年限后二年;
（3）工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：
农村的砖木结构的房屋为不少于设计年限30年后二年;
城市的砖和混凝土结构的房屋为不少于设计年限50年后二年;
城市的钢筋混凝土结构的房屋为不少于设计年限70年后二年，上述案件法律据此受理完全正确;
城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后二年。
5、对承包人在缺陷责任期内应保修而未保修的责任，发包人的诉讼时效为缺陷责任期届满后二年。
程款纠纷案件有关确认时效和返还时效的特殊性
二、建设工程合同工程价款纠纷涉及确认时效和返还时效。
1、承包人主张预付款、进度款，其诉讼时效为按合同约定的支付期限提出付款要求后二年。
2、承包人主张工程结算款，其诉讼时效自工程通过工程竣工质量验收、承包人提交竣工结算报告后二年，为发包人工程价款的确认时效，如工程价款结算已经确定，自确认之日后二年为承包人的返还时效，如承包人送出工程价款结算报告，发包人在二年未确认结算款，承包人的返还时效最长为4年。
3、承包人主张签证、索赔增加的工程款，诉讼时效为提交签证、索赔资料后二年;如合同约定除斥期间的，除斥期间届满，当事人丧失时效。
三、建设工程合同工期涉及诉讼时效的相关问题
1、工期为工程开工至竣工的期间。
工程开工，分为计划开工日期（指合同约定的开工日期）和实际开工日期（指工程符合开工条件，承包人提请开工报告，发包人下达的开工通知或开工令载明的开工日期。由于符合开工条件主要指发包人已获得主管部门的施工许可证，故，实际开工日期通常会比合同约定的开工日期晚。）
工程竣工，是指工程合同约定的承包范围由施工图纸所载明的工程内容已经完工，竣工也有计划竣工日期和实际竣工日期的区别，合同计划开工日期顺延，计划竣工日期相应顺延。
2、在施工过程中承包人要求工期顺延，或施工合同约定有形象进度节点工期的，发包人主张节点工期延迟，诉讼时效为当事人提出工期顺延或工期迟延签证申请后二年，如工期争议涉及工程质量缺陷的，诉讼时效为质量缺陷鉴定出具意见后二年。
以上就是找法网小编为大家整理的建筑工程合同纠纷处理方式的相关法律知识，当事人因为建筑工程合同而产生纠纷，可以通过协商、调解、仲裁、诉讼的方式解决。如果您还有其他的法律问题，欢迎咨询找法网，我们会有专业的律师为您提供帮助。
