1、适用对象不同，即保证期间适用于请求权，除斥期间适用于形成权。
2、保证期间为可变期间，即存在着中断问题，除斥期间为不变期间。
两者的相同或者近似之处主要是：
1、两者都是权利消灭期间。
2、在特定情况下两者都可以是约定期间。
两者的不同决定了保证期间不是除斥期间，而其具有相同或者近似之处，特别是同属权利消灭期间，又使人将保证期间误认为除斥期间。
保证期间可以中断。我国民法典规定，在保证期间内，债权人对债务人已经提起诉讼或者申请仲裁的，保证期间适用诉讼时效中断的规定。在一般保证中，债权人只有在向债务人保证期间可以中断。我国民法典规定，在保证期间内，债权人对债务人已经提起诉讼或者申请仲裁的，保证期间适用诉讼时效中断的规定。在一般保证中，债权人只有在向债务人提起诉讼或仲裁，并且债务人的财产强制执行而无效果后，才能向保证人请求承担保证责任。经过诉讼或仲裁程序，再经过执行程序，时间上需要一个过程，等这个过程结束了，保证责任的期间可能早已超过，这样对债权人显然不公平。因此，我国民法典规定一般保证期间适用诉讼时效的中断，这是对债权人和保证人利益的一种平衡。
保证期间与诉讼时效的主要区别是：
1、保证期间首先是约定期间，其法定期间为任意性规定，在没有约定时适用。诉讼时效为强制性的法定期间。
2、保证期间是请求权消灭期间，即其届满之后债权人对保证人的从债权（保证债权）消灭;诉讼时效是胜诉权消灭期间，其届满后实体权利并未消灭（有债务而无责任）。这些差别决定了该期间根本不是诉讼时效。
两者主要的相同或者近似之处是：
1、适用的对象都是请求权。
2、都是可变期间。民法典规定的“债权人已提起诉讼或者申请仲裁的，保证期间适用诉讼时效中断的规定”表明，保证期间属于可以中断的期间。起算时间有相同之处。诉讼时效 “从知道或者应当知道权利被侵害时起算”，是对所有请求权的诉讼时效起算点的概括。具体到合同关系的诉讼时效而言，其知道或者应当知道权利被侵害必然是合同债务履行期届满之时，而此时也恰恰是保证期间的起算点。
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