现代企业通常采用法人治理结构来管理和运营公司，而法人治理结构要求公司的所有者和经营者两者分离，这就导致了失去控制权的所有者如何促使占有控制权的经营者为其实现最大利益的问题，或者说如何平衡股东和董事之间的利益冲突。董事作为独立的主体和理性的人，必会在管理公司过程中追求自己的利益，同时也可能使公司股东权益受到侵害。
此外，基于投资回报率与风险承担系数相一致基础上的资本多数决原则构成了公司议事制度的基本原则。这一原则体现了资本平等，对于提高公司决策效率有十分重要的作用。但是，它使大股东有机会凭借手中的表决权优势操纵公司运营，使大股东的意思能轻而易举地上升为公司的意志，而置中小股东的利益于不顾，导致了控制股东和中小股东之间的利益冲突。
公司合并是指两个或两个以上的公司依照公司法规定的条件和程序，通过订立合并协议，共同组成一个公司的法律行为。公司的合并可分为吸收合并和新设合并两种形式。吸收合并又称存续合并，它是指通过将一个或一个以上的公司并入另一个公司的方式而进行公司合并的一种法律行为。并入的公司解散，其法人资格消失。接受合并的公司继续存在，并办理变更登记手续。新设合并是指两个或两个以上的公司以消灭各自的法人资格为前提而合并组成一个公司的法律行为。其合并结果，原有公司的法人资格均告消灭。新组建公司办理设立登记手续取得法人资格。
1、相对于收购而言，企业合并不用支付现金或少付现金而主要是通过交换股票的方式进行，主合并方避免了巨大的融资压力和现金流出，并把由此产生的现金流量投入到合并后企业的重点发展领域，不影响合并后企业的资金周转和经营。目标公司股东可自动成为存续公司或新设公司的股东，保证了企业经营的连续性和稳定性，有利于合并后企业的整合和运作。
2、企业合并协议是在合并双方相互充分协商基础上达成的自愿联合，相对于敌意收购而言，操作简便，避免了敌意收购可能造成两败俱伤的风险。
3、对于参与合并的企业股东而言，由于企业合并主要不以现金进行交易，可以享受延迟纳税的税收优惠待遇。
依据我国法律的相关规定，公司合并以后，解散的公司应当到工商记机关办理注销登记手续存续公司应当到登记机关办理变更登记手续新成立的公司应当到登记机关办理设立登记手续。以上便是找法网小编为您带来关于公司合并对股东权益的主要影响的相关内容，若大家有什么不了解的或者是有其他疑问的可以咨询找法网的律师。
