《土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
根据该规定，因宅基地发生纠纷需要到乡镇人民政府或者到县级人民政府申请确权，两级政府都是可以的。
根据我国《土地管理法》的规定，宅基地纠纷的解决办法，主要有三种：
（一）协商解决
《土地管理法》第１６条第１款规定：”土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。“据此规定，公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。
（二）行政解决
《土地管理法》第１６条第２款规定：”个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。“该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。
（三）司法解决
《土地管理法》第１６条第３款规定：”当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起３０日内，向人民法院起诉。这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，只与按照《土地管理法》第１６条和第５３条的规定，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。否则，人民法院不予受理。但对于侵犯土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民法院起诉。
此外，宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人民调解是指在调解委员会（包括城市的居民委员会和农村的村民委员会）的主持下，以国家的法律、法规规章、政策和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。
宅基地纠纷主要指宅基地权属争议或者非权属争议方面的争议，宅基地权属争议是宅基地权属确定之前的，有关宅基地占有、使用、收益过程中产生的各种争议或争执，宅基地非权属争议是宅基地权属确定以后发生的宅基地侵权、宅基地违法及其他宅基地纠纷。
一般宅基地纠纷多为权属争议，所需要的证据就是权属来源证明，比如乡镇或者是乡镇以上的级别，以及国土部门、房管部门、建设部门等一些职能部门颁发的文件，或者是经过盖章确认后的证明材料，都可以作为自家宅基地是合法的证明。此外，需要特别注意的是村里开的证明是不管用的，因为村组织没有审批的权限，但是如果手上没有任何权属来源证明材料，也可以由村委会查明情况出具证明、经过公告程序予以确认。
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