公司在清算期间被起诉的，在案件结束前，不能注销公司，公司清算结束，并且报有人民法院确认后，可以向公司登记机关申请注销。
《中华人民共和国公司法》
第一百八十六条 【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。
第一百八十八条 【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
１、什么情况下可以成立清算组进行清算
公司应当依照公司法第一百八十三条的规定，在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始自行清算。
有下列情形之一，债权人申请人民法院指定清算组进行清算的，人民法院应予受理：
（１）公司解散逾期不成立清算组进行清算的；
（２）虽然成立清算组但故意拖延清算的；
（３）违法清算可能严重损害债权人或者股东利益的。
具有本条第二款所列情形，而债权人未提起清算申请，公司股东申请人民法院指定清算组对公司进行清算的，人民法院应予受理。
２、清算组的组成
人民法院受理公司清算案件，应当及时指定有关人员组成清算组。
清算组成员可以从下列人员或者机构中产生：
（１）公司股东、董事、监事、高级管理人员；
（２）依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构；
（３）依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构中具备相关专业知识并取得执业资格的人员。
公司被起诉，不一定会被冻结账户。如果对方申请财产保全的，或者判决生效后，公司不履行义务的，则公司的账户可能会被冻结。如果没有上述情形的，则一般不会冻结公司的账户。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十六条
发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。 调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
第二百四十二条
被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。人民法院查询、扣押、冻结、划拨、变价的财产不得超出被执行人应当履行义务的范围。人民法院决定扣押、冻结、划拨、变价财产，应当作出裁定，并发出协助执行通知书，有关单位必须办理。
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