非上市公司股权转让主要区分两种情形，一是一般企业之间的股权转让；二是全国中小企业股份转让系统中企业股权转让。
（一）一般企业之间的股权转让
由转让双方按万分之五的税率，适用“产权转移书据”税目缴纳印花税。
政策规定：
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》规定，财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。适用税率按所载金额万分之五贴花。
同时，《印花税暂行条例施行细则》第十六条规定，产权转移书据由立据人贴花，如未贴或者少贴印花，书据的持有人应负责补贴印花。所立书据以合同方式签订的，应由持有书据的各方分别按全额贴花。
（二）全国中小企业股份转让系统中企业股权转让
由出让方按1‰的税率计算缴纳证券（股票）交易印花税。
政策规定：全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与股票所书立的股权转让书据，依书立时实际成交金额，由出让方按1‰的税率计算缴纳证券（股票）交易印花税。
《公司法》第36条规定：“股东依法转让出资后，由公司将受让人的姓名或者名称、住所以及受让的出资额记载于股东名册。”第145条第2款规定：“记名股票的转让，由公司将受让人的姓名或者名称及住所记载于股东名册。”《公司登记管理条例》第5条规定：“有限责任公司变更股东的，应当自股东发生变动之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的法人资格证明或者自然人的身份证明。”所以，公司变更登记是股权转让的法定要件。
法律规定：“法律、行政法规应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。”只要股权转让的行为未经过变更登记，都应当认定股权转让行为不发生法律效力；同理，根据我国《公司法》第36条的规定，《公司登记管理条例》的规定，股权转让还应当向工商行政管理机关申请变更登记，股东转让出资未经过公司变更登记的行为，也应当认定股权转让行为不发生法律效力。
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》第十条
“财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有全转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
企业发生分立、合并和联营等变更后，凡依照有关规定办理法人登记的新企业所设立的资金账簿，应于启用时按规定计税贴花；凡毋需重新进行法人登记的企业原有的资金账簿，已贴印花继续有效。
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