犯本罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑。
情节严重，一般是指犯罪动机、手段恶劣，造成了严重政治影响和其他严重危害后果等。
情节特别严重，主要是指犯罪动机、手段十分恶劣，因被冤枉追诉、判刑致使被害人的人身、精神受到严重损害或者死亡，因包庇重大案犯，使其消遥法外并继续为非作歹，引起社会公愤等情况。
依本条第3款的规定，司法工作人员贪赃枉法，犯本罪，同时又构成受贿罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。
两罪都是特殊主体，都表现为徇私枉法，都侵犯了国家机关的正常活动。但两罪之间的区别是明显的：
（1）主体不同。本罪的主体是行政执法人员；后罪的主体是司法工作人员。
（2）客观行为不同。本罪是利用行政执法的职权，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交的行为；后罪则表现为利用司法职权，违背事实和法律，作刑事枉法追诉或者枉法裁判的行为。
（3）本罪侵犯的直接客体是行政机关的行政管理、行政执法活动；后罪侵犯的直接客体是司法机关的正常活动。
其区别在于：
1、犯罪主体不同。本罪的犯罪主体是特殊主体，即必须是行政执法人员才能构成；包庇罪由一般主体即可构成，
2、客观方面不同。本罪必须是利用职务之便或违背职责实施的行为才构成；而包庇罪不必利用职务之便即可构成。
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