（一）分公司是不是独立核算由公司自由决定。
（二）营业税或者增值税等流转税种在当地缴纳，但如果你公司跨地区设立了总分机构，所得税应当适用国税发(2008)28号文件，由总公司汇总计算，分公司按比例当地预交。
（三）基于所得税汇总缴纳，你们肯定要汇总整个公司的报表，但是同时也要分开核算，能够区分分公司的收入，工资，资产(建议做总公司下面的部门核算单位)。
（四）总公司收不收取管理费用仅是你们公司内部的利润分配计算方式，因所得税要汇总计算，不会对整个公司所得税产生影响。
（五）总公司收取管理费用的分录建议做管理费用的内部冲销，或者挂其他应收应付等往来科目，总公司最好不要确定收入，否则又要多交一道流转税。
分公司是指在业务、资金、人事等方面受总公司管辖而不具有法人资格的分支机构，属于总公司分支机构。
它在法律上、经济上没有独立性，不具有企业法人资格，仅仅是总公司的附属机构，没有自己的名称、章程和财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。
总公司管理分公司,对所属分公司在生产经营、资金调度、人事管理等方面行使指挥、管理、监督的权利，具有法人资格，可以独立承担民事责任。分公司是与总公司相对应的法律概念，是指在业务、资金、人事等方面受总公司管理，不具有法人资格的分支机构。分公司在法律、经济上没有独立性，属于总公司的附属机构。
（一）分公司的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
（二）分公司没有自己独立的名称和章程，而只能使用与总公司同样的名称和章程。
（三）分公司的主要业务活动完全由总公司决定，分公司一般是以总公司的名义并根据它的委托来进行业务活动的。
（四）分公司没有自己独立的财产，分公司的所有资产全部属于总公司。分公司与总公司在经济是统一核算，其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
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