如果属于租赁鱼塘的，应该按鱼塘的实际占地面积计算;属于放养鱼苗等，则应该按水面面积计算。
依照《土地管理法》第四十七条“征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。
征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。
但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。
征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。
被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。”的规定，即使鱼塘承包期已到期，你仍可得到鱼塘鱼苗补偿及鱼塘上属于你的附着物(如临时搭建的房屋等)等相应补偿，具体补偿标准按你所在地区的具体标准确定。
第一种方法是借助地上建筑按各自用途的建筑面积分摊总建筑面积的比例作为分摊土地面积的比例系数的方法，将线路沉入式坝体占新形成的现状鱼塘容积的比例，作为分摊水面表面积的比例系数，将所得的面积作为征地补偿面积，即容积比例分摊法。这种方法尊重了水上、水下的工程环境、养殖环境的变化，充分利用了水体介质、浮力原理，从数量上解决了如何认识线路沉入式坝体及占地面积问题，能够被养殖户和征地单位所接受。这种方式的数学计算意义必须是梯形结构，而不是矩形结构。
第二种方法是直接以水下坝体的底面积向上投影至水面的投影面积作为占地面积。这种方法符合透视原理，利用鱼塘水深相对较浅，基底可视特点，将水下地表表面积隔水透射，空间换位，重新真实反映水下坝体实际占地情况。这种方法在清塘空底时更好解释，相当于以塘底作为占地的起点，符合鱼塘水体动态变化，具有附着物属性的特点，充分利用水体的透视反射特点，缺点是它没有充分利用水体整体性和介质性、变化性特点。
1、对鱼塘及设施的认定。征收鱼塘和养殖水面，必须是付出人工劳动的养殖方式及相应设施，而区别于自然水体或几位简单粗放的养殖方式。
2、对精养方式的认定。是否构成精养鱼塘，对其价值有很大影响。养殖方式分为精养、半精养和一般饲养几种程度，不易区别和把握，主观性较强。
3、由于鱼塘养殖属于特殊生产方式，采用收益还原法需要考虑的制约因素很多。最重要问题包括客观收益、收益年限、风险因素，还原率等。
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