1、若房屋和土地分开补偿，则土地按商业用途补偿，房屋及其附属物按重置成新价补偿。
2、如房地合一补偿，则按照商业房地产市场价值进行补偿。还有搬迁补助、正常营业的还有停产停业损失。
政府征用商业用地所支付的补偿金，应由被征用土地方与征用方进行协商，协商后的补偿金应当在工程完工前，一次性或分批次付清。
《中华人民共和国土地管理法》第四十七条规定：
征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，商铺拆迁补偿计算方式如下：
一是搬迁前期费用和搬迁过程中发生的停工费用、机器设备调试修复费用以及物资的拆卸、包装和运输、解聘员工补偿费等费用。
二是基于拆迁政策发生的奖励费用，包括速迁费、拆迁奖励费等。需看到拆迁协议，确定拆迁是否合法，然后以及索要的各类赔偿。
三是拆除非住房住宅房屋造成停产停业的，也可以得到补偿，拆迁房屋造成停产、停业的，在规定的过渡期限内，按照所涉及的在册工人数或者工商营业执照登记的实际从业人数给予一次性最低工资补偿。
根据我国《国有土地上房屋征收和补偿条例》等规定，征收商业用房的，应当依法进行补偿，具体包含以下几项：
1、被征收房屋价值的补偿。被征收房屋的价值不得低于被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构评估确定;房屋价值的补充中还包含附着物价值的补偿，如对于装饰、装修物等的补偿。
2、因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿。如生产设备的拆卸、包装和运输，临时租用存放物品场地所产生的费用，员工的遣散费等费用支出需要征收方依法进行补偿;
3、停产停业损失。其实就是利润损失，是指因征收致使企业不能正常生产经营而产生的损失，停产停业损失一般结合企业利润、支出和因征收导致的额外支出等因素来综合确定;
4、根据拆迁政策被拆迁人应当享受的奖励费用，包括速迁费、拆迁奖励费等，符合条件的企业也应当一视同仁地享受该奖励。
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