农业部下发《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》其中规定，生产设施、附属设施和配套设施用地直接用于或者服务于农业生产其性质属于农用地，所以养殖场用地按农用地的标准进行补偿，地上附着物一般按重置价格进行补偿。
根据《土地管理法》第四十八条 征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
1、土地的补偿
首先是土地部分的补偿，征用养殖场用地，如果土地是自己的承包地，本身有相关的证书，所以确权都很明确，根据证书上的来确定承包人。
2、养殖场建筑物、附属物的补偿
涉及到养殖场的建筑材质，结构，不同的材质的补偿标准是不一样的，而且各个地方的标准也不相同。还要考虑养殖场的实际面积的多少来定。
3、停产停业损失的补偿
养殖场因为土地征收，没法继续经营，就需要针对停产停业的标准进行赔偿。
4、设备及物料相关补偿
养殖场的征收跟工厂的征拆差不多，也是会涉及到一些设备的搬迁问题，相关的设备的搬迁费、以及因搬迁造成的损失，也是需要补偿的，根据评估情况进行。
5、禽畜出清补偿
这一项补偿一般是按照存栏禽畜的大小和种类进行补偿。不同地方有不同的相关规定，具体要参考当地的标准来进行。
农民土地被征用时候，农民拿到的补偿款所交的税费是由征地部门承担的，农民并不需要支付。征地补偿款是不需要缴税的，政府征收集体土地，公司获得补偿，不征收“产权转移书据”印花税。
根据《财政部国家税务总局关于城镇房屋拆迁有关税收政策的通知》规定：“对被拆迁人按照国家有关城镇房屋拆迁管理办法规定的标准取得的拆迁补偿款，免征个人所得税。” 同时根据《土地增值税暂行条例》第八条规定：因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。国家 建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。据此，对个人房产因城市规划需要而被拆迁取得的补偿费收入，免征土地增值税。
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