1、工程量之争。
土建工程的工程量之争主要集中在合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的详细数据未做三方(发包方、承包方与监理公司)签字的记录，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量之争，主要集中在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
2、计费系数之争。
该争议主要是由于承包方资质变更或者施工队属于挂靠单位或者承包方由不同资质的单位合作组成，资质之争表现在结算领域就是计费系数之争。
3、大型机械租赁费用的计费之争。
许多建设工程需要承包方对外租赁大型机械设备，例如台搬等。按照建筑行业惯例，这些大型机械的租金应该在工程款外另行计费，特别是为了赶工期时，更是如此。承包人租赁时一般有说明，发包方为赶工期也不否认，但进行工程结算时发包方总觉得在合同款外另行支付设备租金不合算，认为承包方使用的机械应该由承包方自行负责，总找理由拒付。
4、竣工决算时间之争。
建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，然后报经发包方审核，达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”这一概念在建设工程领域本来是一个无争议的技术概念，即合同项下的工程量已完成。但笔者发现许多发包方或者过分谨慎或者出于其他难以言表的目的引进商品房买卖领域的“竣工”概念，添加了“项目验收”或“综合验收”的内涵。众所周知，商品房买卖合同中的房地产“竣工”是一个法律概念，比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。例如土建工程的工程内容只包括外围框架工程，但商品房买卖合同中，哪怕最低要求的“竣工”，除外围框架结构外，还必须包括内装修、即水电到户与设计间隔等，如果使用综合验收的标准就更复杂了，除上述要求外，还包括小区配置及消防验收。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告。因为“决算不成熟”，当然也就可以堂而皇之地拒付工程款了。
5、违约之争。
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件(如施工现场未能通水、通电、通路等)、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
6、建筑材料品质之争。
建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此引起结算纠纷是不可避免的。2003年上半年，由于国际市场的剧烈变动，建筑材料如钢材价格大幅度上涨，有的涨幅高达40%。而承包方进行建设工程投标时一般只考虑了5%的价格上涨幅度，最多不会超过10%。面对40%的涨幅，如果发包方与承包方未能达成谅解(或者提高工程款或者工程延期等待建材市场价格回落)，承包方就只能寻找低品质的替代品。最后因建筑材料品质引发工程款结算纠纷。
7、总包与分包之争。
由于现代社会的分工越来越细，实际上一个大型建设工程难以由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。而且总承包单位与分包单位之间除工程款结算外，还存在着管理费之争。如果建设单位参与指定或者暗示分包单位，则引起的工程款结算纠纷会更复杂。这类纠纷在建设工程领域比较普遍，2004年2月3 日，建设部还特别颁布《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》加以特别调整。
8、5%尾款之争。
建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的银行保函加以保证。5%尾款争议的原因在于承包人是否在保修期内适当履行了保修义务。
依据《民事诉讼法》第二十三条的规定：因合同纠纷提起的诉讼，由被告所在地或合同履行地人民法院管辖。
第三十五条的规定：两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以向其中一个人民法院起诉;原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。
《民法总则》规定：履行地点不明确，给付货币的，在接受给付一方的所在地履行，其他标的在履行义务一方的所在地履行。
《合同法》第六十一条的规定：合同生效后，当事人就质量、价款、或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
第六十二条规定：当事人就有关合同内容约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，适用下列规定：
(一)质量要求不明确的，按照国家标准、行业标准履行;没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。
(二)价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行;依法应当执行政府定价或者政府指导价的，按照规定履行。
(三)履行地点不明确，给付货币的，在接受货币一方所在地履行;交付不动产的，在不动产所在地履行;其他标的，在履行义务一方所在地履行。
(四)履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时要求履行，但应当给对方必要的准备时间。
(五)履行方式不明确的，按照有利于实现合同目的的方式履行。
(六)履行费用的负担不明确的，由履行义务一方负担。
2017年10月1日施行的中华人民共和国民法总则第一百八十八条对诉讼时效的规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的除外。
因此，各承包商可以采取书面发函(对方一定要签收或采取挂号信等形式证明已送达)、向清欠主管部门及相关部门投诉(一定要有书面记录)、与发包方补充协议或签订还款协议等办法，使诉讼时效中断。
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