实际上，在目前的审判实践中，行政和民事两种诉讼形式都有。被征收人对补偿协议不服的以行政诉讼为主，也就是“民告官”；被征收人不履行协议约定义务时，房屋征收部门多以民事诉讼提起诉讼。
一般情况，应该优先行政诉讼，但不排除民事诉讼。因为民事诉讼在补偿等问题上更充分一点，而行政诉讼的好处是举证有利于某一方。同时补偿协议，其实是以合同形式体现的行政决定。所以从协议有争议一开始就纳入行政诉讼，有利于彻底解决纠纷。
长期以来，在拆迁过程中，作为被征收人的普通老百姓相对于房屋征收部门来说，是弱的一方，法律规定中也更多地倾向于保护弱的一方，也就是“民告官”中的“民”。但近年来，随着房价的不断上涨，政府遭遇被征收人拒不履行协议的情况也偶有发生。
在征地拆迁纠纷中，只要政府有存在违法行为，被拆迁人都可以通过法律途径维护自己的合法权益。
（一）行政裁决
国务院令发布的《城市房屋拆迁管理条例》规定，拆迁人与被拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。
（二）行政或司法强制
1、行政强制：被拆迁人或者房屋承租人在行政裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由拆迁管理部门提请公安部门强制拆迁。
2、司法强制：被拆迁人或者房屋承租人在裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。实施强制拆迁前，拆迁人应当就被拆除房屋的有关事项，向公证机关办理证据保全。行政强制或司法强制只能选一种。房屋拆迁管理部门提请或申请强制拆迁，必须非常慎重。
（三）民事仲裁或民事诉讼
拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在协议的约定的搬迁期内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院提起民事诉讼。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。
依据《民事诉讼法》第34条第（1）项的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。房屋拆迁安置补偿合同纠纷，应由房屋所在地人民法院管辖。
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