一、农村征地补偿纠纷的主要原因：
1、农村土地征收补偿费用的性质和归属法律规定不明确。承包地之外的农村集体土地被征用，征收方向农村集体经济组织支付地上附着物和青苗费补偿费、安置补助费，其归属法律、法规没有明确规定。由于农村土地权属的立法界定不清，大量的补偿费无法为农民所掌握，严重损害了农民的利益。依照现行法律规定，青苗补助费和地上附着物补偿费应分配给该物的所有者，通常为农民个人所享有;安置补助费国家规定应由集体经济组织所享有，若农民自谋职业，应发给农民个人。但现行的立法模式并没有为“集体”作出严格界定，现实中农村集体土地一般存在三种模式，即乡镇集体所有，村民委员会集体所有，村民小组集体所有。对所有权主体多级性和不确定性的规定，反而造成了集体土地所有权主体的虚位，导致了集体土地人人所有，却人人无权。因为农村实行家庭承包经营为基础，统分结合双层经营体制以后，农村集体经济组织大多解散，原来属于乡镇、村集体经济组织所有的土地已经分给各村内小组的农户承包经营，而且当初分地的时候土地权属登记手续大多不健全，在土地未被征收时这种潜在的权属不清问题一般不太引人注意，但是当面临补偿金的时候，三个主体都争抢土地补偿金，即使属于村内小组所有的土地被征收后，乡镇、村克扣、截留补偿金的不正常现象大量存在，补偿金落实到真正土地权利人手中的所剩无几。
2、国家农村土地征收补偿标准不合理。我国《土地管理法》规定的征收土地补偿费、劳动力安置补助费都是按照被征收土地前三年的平均年产值计算的，其补偿标准计算的基准是农地的年产值，而土地补偿费的确定很大程度上与被征地所处的区位、区域经济发展状况及区域基础设施条件等紧密相关，而与土地年产值的关联性并不明显，法定的征地补偿标准较土地实际产出价值而言往往失真。由于政府作为利益参与方分享土地征收的利益，被征收方又极少参与征收过程，导致很多地方政府常常按照法定最低标准给予补偿甚至连法定的最低标准也达不到，在自由裁决的权限内，出现显失公平的不合理现象更是常见。实践中政府往往以支付较低的补偿费为对价获得土地，再以很高的土地使用权出让金转入市场，但失地的集体组织和农民却不能从增值中获利。
3、补偿程序不完善，司法救济难到位。补偿过程中虽有公告和听证的规定，但缺乏农民实际参与听证的保障渠道。法律规定征地补偿方案由市、县人民政府土地行政主管部门会同有关部门制定，补偿方案制定后才公告告知农民，对农民提出的意见只在确需修改的情况下才改动补偿方案，极大地限制了农民的参与权。另外，发生纠纷后，法院往往以征地补偿案件不属于民事案件为由不予受理，司法保护不能实现。现有的土地征收补偿法律法规没有规定对裁决不服的救济途径，《土地管理法》第十六条的规定主要是土地所有权和使用权的权属纠纷的救济途径，而不包括土地征收补偿纠纷的处理。根据现行《土地管理法》的规定，征收各方不能对征地补偿标准达成一致意见的，由征收部门裁定，而且该裁定为终局裁定，相对人不能向人民法院起诉。这种制度安排，给征收方以过大的权力，而被征收方连起码的司法救济权都没有。双方的攻防武器严重失衡，极易造成对被征收人利益的损害。
征地纠纷，就是在征收集体土地过程中失地农民、村委会、用地单位、政府之间产生的纠纷。这类纠纷特殊主体经常表现为：一方是政府或开发商、一方是农民，由于其主体的特殊性导致这类纠纷在处理过程一定程度上可能会存在地方保护主义，而且这类案件人数众多极有可能引发群体性事件，这就对办案的人员有着更高的要求，只有充分的掌握专业知识和案情且具有足够的智慧和胆略才有可能将这类案件办好。
二、如何正确处理农村征地补偿纠纷
法律处理方式主要有行政诉讼、行政复议、行政复议裁决、民事诉讼、征地补偿协调、裁决等方式，根据个案的不同特点应当启动不同的法律程序。
1、征地纠纷行政复议
行政复议：是指公民、法人或者其他组织不服行政主体作出的具体行政行为，认为行政主体的具体行政行为侵犯了其合法权益，依法向法定的行政复议机关提出复议申请，行政复议机关依法对该具体行政行为进行合法性、适当性审查，并作出行政复议决定的行政行为。是公民，法人或其他组织通过行政救济途径解决行政争议的一种方法。
行政复议的最大特点是可以跳出某个区域，如对某省国土资源厅的行为不服则可以向国土资源部申请复议，如果在承办案件过程中担心某地方存在地方保护，则应该选择这样的救济途径。
2、 征地纠纷行政诉讼
行政诉讼是指公民法人对具体行政行为不服而向人民法院起诉，有人民法院进行审理并作出判决、裁定的司法程序。即通常我们所说的“民告官”，这是解决行政争议的重要制度。
3、征地纠纷中的民事诉讼。
在征地纠纷中，大多数进行的诉讼属于行政诉讼，民事诉讼时为数不多的，但是并不是所有的程序都要走行政诉讼，有时候也可以走民事诉讼的程序，如对于非法占地的行为，从民事角度考虑我们可以起诉民事侵权，要求停止侵害、赔偿损失、恢复原状。对于已经签订征地补偿协议，如果该协议签订过程中存在胁迫等手段，则从民事诉讼的角度起诉撤销该协议。总而言之办案子要开动脑筋不能死盯住行政诉讼，如果民事诉讼对我们更有利的话，则就应该设法走民事诉讼的程序。在征地纠纷中常发生的民事纠纷有：征地补偿协议纠纷;土地侵权纠纷;土地承包经营纠纷。
4、征地补偿协调裁决。
征地补偿裁决也可以称之为征地补偿协调与裁决，是指对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决，这是国家为减少、解决征地纠纷而推行的制度。机制可以分为两个部分，一是协调，而是裁决，协调是裁决的前置，未经协调的不能进入裁决。
如果在申请协调中遇到两级政府相互推诿的情况下，则应当在协调期满之日向征地批准机关申请裁决，若省内尚无协调裁决办法或协调裁决办法没有规定多长时间协调的，建议在60日后申请裁决。
5、征地纠纷听证制度。
征地纠纷听证制度是指在土地征收纠纷中拟作出行政处罚、行政许可决定，制定规章和规范性文件时，主管部门组织听证，应当遵循公开、公平、公正和便民的原则，充分听取公民、法人和其他组织的意见，保证其陈述意见、质证和申辩的权利的制度。它可以分为两类，一类是主管部门依职权组织的听证，一种是申请人申请才组织的听证。
依职权组织的听证有：拟定或者修改基准地价;编制或者修改土地利用总体规划和矿产资源规划;拟定或者修改区域性征地补偿标准;制定规章和规范性文件;主管部门规定的其他情形。
需要申请人申请才组织的听证有：拟定拟征地项目的补偿标准和安置方案的;拟定非农业建设占用基本农田方案的。较大数额罚款、责令停止违法勘查或者违法开采行为、吊销勘查许可证或者采矿许可证等行政处罚的;国有土地使用权、探矿权、采矿权的许可直接涉及申请人与他人之间重大利益关系的;法律、法规或者规章规定的其他情形。
听证是失地农民参与征地审查报批、发表自己意见、了解案情的重要途径，当事人应该重视这项权利，积极地参加，有些地方在征地时并没有告知失地农民申请听证的权利，还有一些地方将申请听证的权利告知了村委会，而村委会未告知村民径行做出了不申请听证的决定，这样做侵犯了失地农民申请听证的权利。
