(一)产权式商铺权属登记的法律风险
出于统一经营的需要，开发商对开放式卖场仅进行面积分割，各小商铺间无内墙分隔，仅以地钉、划线等为区别界线。而委托经营期间，开发商或经营商为统一布局规划，往往改变要小业主所购铺位的利用方式，或将营业大厅的功能区域重新划分，或将相邻铺位合并使用等。由于“虚拟产权式商铺”无实体墙壁分割的特点，在实践中开发商或经营商对小业主商铺的利用方式的变更更是普遍。现行我国房屋权属登记规则对产权式商铺的登记确权未有明确规定，但实践中各地对虚拟式产权式商铺是否予以登记则做法不一。有一些城市，如北京、长沙、南京等地对产权式商铺准予登记确权，而另一些城市，如深圳市规划与国土资源局则下发了《关于规范商场办公楼分割转让有关业务操作的通知》，规定：商场、办公楼转让应以权属单元为转让标的。房地产开发企业和房地产权利人不得擅自将权属单元分割转让，未经房地产及相关部门审核程序的，房地产登记部门将不受理分割预售和登记。因此，一些地方发生的产权式商铺产权登记纠纷，主要是投资者依开发商的商业广告和规划指示图购买了开发商开发的以产权式商铺形式出售大小不等的非独立商铺，并承诺可为投资者办理独立产权证。后因商场经营不景气或其他原因导致回报率下降，部分小业主想转让商铺，而开发商却因长期未能办出房产证而被业主告上法庭，要求办证或退赔房费和损失。随着时间的推移以及市场的变化，产权式商铺作为一种新兴的房产“证券化”的投资产品或项目，引发的纠纷越来越多，其实际价值的变现性已经受到质疑。近年来，我国许多城市开发商开发的产权式商铺常是火爆热销开局，但最终却以惨淡经营或无法正常开业而告终。当然，由于产权式商铺具有回笼资金快、开发风险小等优点，各商业地产开发商正努力采取了各种办法克服其弊端，但效果甚微。
(二)产权式商铺运营的法律风险
一是运营合同期限内的风险。获得商铺产权，并非投资者购买商铺的最终目的，其目的在于投资升值及获取投资收益。发达国家早已将成熟的商业项目作为金融化产品来运作。普遍看来，产权式商铺项目的经营价值应优先于房产价值，而且投资者投资产权式商铺收益的主要来源是经营业绩。因此，投资者在签订商铺买卖合同的同时，往往会被要求签订委托经营合同或返租合同，投资者成为合同的委托人或出租人，委托开发商或经营公司经营或租赁其商铺，而开发商因已实现资金回笼目的，往往撤出或另行成立管理公司变相撤出。这些合同，多数为格式合同，投资者无选择、商榷的余地，只能无条件将所购商铺的使用权交予开发商或经营公司“统一经营”以获取投资回报。由于项目的经营业绩受经营公司的运营管理能力及市场决策、经营项目的地理位置、市场供需、商圈的成熟度以及投资返利压力等多重影响，项目一旦出现业绩不佳、难以为继，经营公司或进驻商家可能中途退出，这时开发商早已交付商铺、撤出资金，不用承担任何责任，经营难题只能留给投资者。二是运营合同期满后的风险。小业主购买的仅仅是大卖场中无物理界限划分、仅是所有权量的抽象分割的虚拟铺位，有的铺位还因项目的重新布局成为辅助功能区。由于商铺的产权是一般长达40年或以上，而实践中开发商承诺回报期限通常仅为3—10年，因此合同期满后，投资者必须自寻出路，要不自己经营，要不另行出租商铺，但由于大多数铺位不具有独立使用功能，投资者后续运营成为难题。更尴尬的是，统一经营后，绝大多数虚拟产权式商铺产权位置与实际经营场所不相符合，小业主难以找到自己的铺位，即使能够确定自己的产权对应区域，亦难以进行物理界限上的分割来独立使用。
由于一个项目往往有。只有对成百上千的小商铺进行统一经营，方能实现项目的商业价值。但一旦发生产权纠纷或经营商撤出，或者投资回报期满与管理公司和经营者再续合作，众多小业主要拿出一致的意见难度很大。各方损失在所难免，物业闲置造成资源资金浪费，尤其是投资者的损失甚至没有法律保障，即使有相应的担保，但由于缺乏有效的监管手段和变现能力，也很难成为投资者利益的根本保证。大量的纠纷将引发恶劣的社会影响。
(三)产权式商铺业主权益法律保护的困境
目前，国内为数不少的产权式商铺使用项目，不少处于艰难维持状态，极少实现投资者的投资愿望或预期的项目。近年来虽陆续有投资者集体与管理公司的租金谈判纠纷出现，甚至还引发大量集体诉讼案件，但由于投资者与经营公司或商家相比处于明显弱势地位，再加之小业主往往人数众多，难统一意见，僵持到最后多以投资者让步告终。如何保护较为弱势的投资者的权益，实务界与理论界对此的认识尚未完全一致。建设部于2001年颁布实施的《商品房销售管理办法》第11条明文规定：“房地产开发企业不得采取返本销售或者变相返本销售的方式销售商品房。房地产开发企业不得采取售后包租或者变相售后包租的方式销售未竣工商品房。”可见，建设部明令禁止开发商对未竣工商品房采用售后包租的形式进行销售，而对于开发商对已竣工商品房进行售后包租并未明示禁止。同时，对开发商以外的管理公司对未竣工和已竣工商品房的售后包租行为均未明令禁止。但即使如此，对于政府部门对售后包租的上述态度与举措，有的学者并未予以认可，相反，他们认为：“表面上看，有关部门是为了维护市场竞争秩序，但是，从本质上说，它侵犯了当事人的权利，违背了契约自由的法律原则。对商业经营中出现的法律纠纷，有关部门应当提醒当事人通过司法途径加以解决。”通过司法途径维权固然是投资者权利遭受侵害是的主要救济途径，但产权式商铺作为房产证券化的新生事物，对投资者的金融投资、房产投资等专业知识背景要求较高，而且与开发商相比，大多数小业主都处于弱势地位，当小业主利益和开发商或营运公司利益发生冲突时，双方很难做到平等地沟通协商解决争议。同时，在司法实践中，许多业主打赢了官司后，又遭遇执行难，其合法权益难以得到有效保障。因此，对于投资者的合法权益可能遭受的损失，如果仅仅通过事后救济的方式来进行补偿，难以尽如人意。
