目前我国对农村集体所有的土地征用后给予补偿、安置的过程可以大致分为两个阶段：第一个阶段是被征地单位与政府土地主管部门的关系;第二个阶段是土地补偿款分配决议做出后，村民与农村经济组织的关系。每个阶段的法律适用各有不同。
在“第一个阶段”中，被征地单位与政府土地主管部门之间存在确定和落实补偿安置方案的关系。根据我国现行法律对农村集体土地征用的流程，先由政府土地主管部门将土地征为国有，并对被征用的农村集体经济组织进行补偿，再由政府土地主管部门将被征用的土地出让给土地使用人使用。在这阶段中，补偿安置的双方当事人是土地主管部门和被征用土地的农村集体经济组织，双方有行政上的管理和指导关系，因此，此阶段发生的纠纷也主要由政府协调或裁决。
在“第二阶段”，即被征地农村集体经济组织收到土地补偿款后进行分配的问题。在此阶段，农村集体经济组织和其成员之间属于平等的民事主体，他们之间并没有行政上的管理和隶属关系。如果说如何制定补偿或安置方案属于农村经济组织的自主权和村民自治范畴，那么，一旦村民大会做出分配的决议(该决议从法律性质上应属于析产协议或收益分配决议)并经政府部门的批准，也即方案进入了实施阶段后，因此所产生的争议，已超出了村民自治的范围，被告若违反决议的，原告自然有权向人民法院起诉，请求司法救济。所以说，在第二阶段应属于法院受理的范围，法院完全可以审查村民大会决议的合法性(例如是否歧视少数民族或妇女等)，并在此基础上根据公平和合法原则来判决原告应得份额及被告应履行的给付义务。
