1、法定补偿标准的缺失造成集体土地上房屋拆迁补偿随意性极大。
我国《土地管理法》第四十七条第二、第三款对耕地征用的补偿费，安置补助费进行了规定并有具体的计算标准，但对因土地征用而引起的农民在宅基地上自建房屋的拆迁却没有补偿标准。现实中，一般是由政府参照《城市房屋拆迁管理条例》及《细则》进行补偿，由于城市国有土地上的房屋和农村集体土地上的房屋在土地所有权性质、所有权主体、土地管理方式以及拆迁安置对象等方面均有差异，所以，《城市房屋拆迁管理条例》并不具有直接的参照性，导致在执行过程中，各级政府制定的补偿标准随意性很大，拆迁程序和补偿标准十分混乱。这种随意性不但造成了补偿标准不统一，也造成了补偿标准的不合理性，因此也就不可避免地产生了许多纠纷，不仅极大地影响了党和政府的声誉，也直接影响了拆迁的进程和效率。在一些地区，政府为了引进投资，制定较低的补偿标准，以牺牲农民的利益换取所谓的投资环境，使农民的利益得不到应有保护。法定补偿标准的缺失导致此类纠纷矛盾尖锐，处理难度加大。
2、对拆迁中农民的私有财产权保护不够。
农民通过宅基地依法取得集体土地的使用权，农民在宅基地上所建的房屋属农民私有财产是无可非议的。但在征用农村集体土地的现实中，由于缺乏相应的法律规范对农村集体土地征用补偿法律关系进行明确的界定和规范，地方政府与村组签订《土地征用协议书》，协议中却将属于农民私有财产的房屋一同处分。这种协议将私产与公产混为一谈，其违法性显而易见。从法理而论，房屋作为农民的私有财产，农民是房屋所有权的主体，只能由农民自己进行处分，所以关于集体土地上房屋拆迁的补偿应从土地征用补偿中分离出来。
同时，房屋拆迁补偿协议作为一种民事法律关系，应当由拆迁人和被拆迁人协商一致达成补偿协议。但是由于我国《土地管理法》将集体土地上的房屋纳入到了土地征用补偿之中，房屋所有权主体作为被拆迁人不直接参与协商，对被拆迁人的房屋进行价格评估亦不通知被拆迁人到场，而是由拆迁人单方指定的评估机构进行评估，有关拆迁补偿和安置通常是由开发商一方说了算，协议中的一些规定属于霸王条款，加之一些地方政府为了“优化”当地投资环境，加大了行政权力的介入，被拆迁人无论是否同意都得拆，剥夺了农民作为被拆迁人在整个拆迁过程中表达自己意愿、维护自己权益的机会，严重侵害了被拆迁人的权益。实际上，一揽子包括在土地征用费中的房屋拆迁安置补偿费就是农民作为被拆迁人时丧失房屋所有权的对价，他们对此岂能没有发言权?这显然违反了民法上的意思自治原则，更不能体现拆迁人与被拆迁人作为法律意义上的平等主体关系。
3、房屋所有人和第三人合法权益得不到保障。
集体土地上的房屋拆迁和城市房屋拆迁一样，涉及很多法律关系。如拆迁居住房屋涉及的搬迁补助费、过渡期内的临时安置费，拆迁农村集体经济组织以土地使用权入股联营等形式与其他单位、个人共同开办的企业所有的非居住房屋涉及的补偿费问题及因拆迁造成的停产、停业损失及预期收益的补偿问题，对利用宅基地内自建房屋从事生产经营并持工商营业执照房屋的拆迁安置问题，拆迁农房租赁户时涉及的租赁法律关系等等，其中既涉及房屋所有权人的权益，同时又涉及房屋所有人以外第三人的权益。由于我国目前尚无明确的法律、法规对上述问题进行规范、相当一部分地区对上述问题比较忽视，在实际拆迁时，只将房屋作为集体土地上的附着物进行补偿，并不细化区分农村房屋的用途、性质及相关的权利，严重损害了房屋所有人和第三人的合法权益。对任何私人房屋的拆迁都必须给予合理的补偿，这是国际通行的一条基本准则。国家发展必然要征用土地，城市化建设必须进行拆迁，拆迁就需要补偿。同时，不管是对城市居民还是对农民，拆迁补偿均应该是公平合理的。如果能够给予公平合理的补偿，国家经济建设、城市发展便不会造成更大的社会矛盾和利益冲突，这是迫切需要解决的重要问题。
4、剥夺了农民作为被拆迁人时的诉权。
由于我国《土地管理法》并没有将农民的房屋从土地征用中分离出来，而是将其包含在“地上附着物”中，所以在具体操作时，征地单位通常是将土地补偿费及“地上附着物”补偿费按照补偿方案一揽子支付给政府或村组，关于补偿方案又是政府或村组与征地单位协商。根据《土地管理法》的规定，补偿方案要经有关政府批准，对补偿方案有异议或不能达成协议的，由政府部门处理。从法理而言，当一个私权利受到另一个私权利侵犯时，当事人一方或双方可以采取到法院提起民事诉讼等方式去解决，而当私权利受到公权侵犯时，只有一个办法，就是提请行政复议和提起行政诉讼，告的必须是具体行政行为，因为在我国当事人不能起诉政府的抽象行政行为，同时，依据我国《行政诉讼法》的有关规定，被征用方与征用方就征用补偿有关问题达不成协议，对行政裁决又不服，可以向人民法院提起行政诉讼。由于农民个体作为被拆迁人时不是土地征用的一方当事人，所以就不能行使这种诉权，农民只能被迫接受政府裁决的方案。
