在此前学者们多次提出不同意见的行政强拆问题上，二次征求意见稿将措辞修改为强制搬迁，并将该权力赋予法院行使。
二次征求意见稿的一个重要的制度设计为在政府和建设单位间设立了征收实施机构。法制办表示，现行建设单位是拆迁人，由于拆迁速度和建设单位、拆迁单位的经济利益相关，容易造成拆迁人与被拆迁人矛盾激化。
设立征收实施机构旨在控制征收人和建设单位间过于紧密的利益联系。
【条文摘录】被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，又不履行补偿决定的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。任何单位和个人不得采取暴力、胁迫以及违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。禁止建设单位参与搬迁活动。
【法制办说明】按照现行条例的规定，政府既可以责成有关部门强制拆迁，也可以申请法院强制拆迁。据住房和城乡建设部统计，近几年来，行政强制拆迁的比例平均为0.2%左右，强制拆迁过程中出现的恶性事件虽然是极少数，但必须高度重视，切实采取有效措施，杜绝此类事件发生。
