有专家分析，《城市房屋拆迁估价指导意见》一个突出而微妙的特点，就是土地和房屋的评估没有分别考虑。
在《城市房屋拆迁估价指导意见》中，对于估价的主要定义是“房屋拆迁估价”，通篇几乎对“土地”二字避而不谈。尽管《城市房屋拆迁估价指导意见》的第二条强调了这种估价行为是针对国有土地上房屋的拆迁，但是通篇没有明确提到估价的目的之一，是对于被拆迁人因拆迁而导致其所拥有的国有土地使用权的丧失进行补偿。
这个问题非常关键。以北京市多年沿袭的“危改”制度为例，据北京市建委开发办拆迁处一位工作人员介绍，以危改立项土地均可先期以划拨形式取得使用权。其中的经营性项目，直到项目后期再由开发商向政府部门补缴土地出让金，对于回迁部分，则根据拆迁人调查统计的回迁数据免收土地出让金。划拨用地，国土部门需向用地人签发建设用地批准书，凭建设用地批准书、规划用地许可证、金融机构出具的拆迁安置补偿资金证明文件、拆迁计划、拆迁方案、拆迁资质证明文件等向区、县国土部门申请拆迁许可证。
法律专家认为，最大的问题是被危改拆迁的国有土地上的百姓，是否拥有相应的土地使用权。如果证明其确实拥有，拆迁和批地的合法性便要受到置疑，而补偿标准亦不能单方面确定。此外作为取得土地使用权的代价，土地出让金的分配将更加复杂。从这个意义上看，拆迁当中的矛盾根源，在于现有体制能否真正保护公民的财产权不受侵害。
总而言之，拆迁评估仅仅是拆迁程序中的一个步骤，而拆迁当中诸多矛盾的真正焦点，其实是能否明确和保护被拆迁人的土地和房屋的财产关系，否则有关法规难免在关键问题上做模糊的文字游戏。在这个意义上，《城市房屋拆迁估价指导意见》只能说是迈出了很小的一步。
