在将破产债权争议诉讼的性质确定为确认之诉之后，其诉讼收费标准自然也就应当得以确定，即应依照确认之诉按件收费，而不能依照给付之诉按诉讼标的数额收费。
由于对破产债权争议诉讼的性质存在模糊认识，在目前的审判实务中，法院对该诉讼的收费标准并不统一，有的按照确认之诉收费，有的按照给付之诉收费，有的按照给付之诉减半收费，也有的以该项破产债权在破产程序中预计可能得到的分配数额为标的按照给付之诉收费，为此还有人建议规定收费的最高限额，具体做法不一。笔者认为，对破产债权争议诉讼按照给付之诉收费(包括变通性的收费)是不妥的。
第一，不符合法理，不符合诉讼的实际法律性质。
第二，不能合理地适应实际情况。在破产程序中，破产债权通常是得不到足额清偿的，甚至可能得不到清偿。对破产债权争议诉讼以债权的名义债额为标准按照给付之诉收费，会造成诉讼当事人过重的负担，甚至出现诉讼收费数额超过债权人可能得到的破产分配额的不合理现象，从而压抑当事人维护权利的行为，损害其诉权。虽然有些法院也认识到这一问题，采取诸如减半收费等变通性措施以减轻诉讼费用负担，但由于其基础仍是建立在给付之诉收费标准之上，故无法从根本上合理解决问题。
第三，破产程序本就是一个对全体债权人的集体清偿给付程序，这一给付程序的进行已经依法向全体债权人收取了相应费用，即从用于对债权人清偿的破产财产中支付的破产费用。破产法第四十一条明确规定：“人民法院受理破产申请后发生的下列费用，为破产费用：(一)破产案件的诉讼费用；(二)管理、变价和分配债务人财产的费用；(三)管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用。”如对破产债权争议诉讼再按照给付之诉收费，就构成对同一给付行为重复收费了，显然是错误的。
有的人对债权争议诉讼按照确认之诉收费存在一些顾虑，认为一个案件只收百十块钱诉讼费，可能导致债权人或管理人等的滥诉，浪费司法资源，影响破产案件及时结案，等等。对于债权争议诉讼按照确认之诉收费的原则是必须坚持的，但对其可能产生的负面影响也需要确立一些规则，采取相应措施加以预防和解决。
从规则角度讲：
第一，破产程序启动后，债权人未经债权确认程序不得提起对破产债权的确认诉讼。有的债权人尚未经债权确认程序对其债权作出认定就提起诉讼，这是不允许的，法院对此种起诉不应受理。
第二，对破产程序启动前已提起诉讼或仲裁的债权争议，破产程序启动后，管理人在审查债权时认为其债权应予确认的，应告知债权人确认结果并要求其撤诉，以降低诉讼费用的承担。如债权人拒不撤诉，由此产生的超过撤诉结案的诉讼费用，由债权人自行承担。
第三，管理人对经债权审查程序后不予确认的债权，要向债权人作出必要的解释，对可能通过补充证据等方式解决确认问题的，管理人应通知其采取相应措施，对债权确认争议应争取协商解决，不应未尽职责就将债权争议都推向诉讼解决。管理人不接受债权人通过补充证据等合理、经济的措施解决确认问题，在此后的债权确认诉讼中因此而败诉的，由此产生的诉讼费用由管理人承担。
第四，债权人因举证不全等问题导致其债权未得到确认的，应当先就补充举证问题与管理人协商，协商不成再提起诉讼。在诉讼中，如债权人提出在债权确认程序中未曾提交的新证据，且在提起诉讼前未就新证据与管理人进行过协商，即使债权人胜诉，该案的诉讼费用也应由债权人承担。因其债权在破产程序中未获得确认的原因是其自身的举证过失，而不是管理人的确认错误，而且其在提起诉讼前未采取合理、经济的方式解决争议。所以，因其自身过错造成的讼累负担与费用支出，应当由其自己承担。
除此之外，还要加强对管理人履行职责的监督，将管理人是否怠于履行职责、为摆脱责任而将债权争议简单付诸滥诉的情况纳入监督范围，作为评价其工作业绩的一个考核因素。
为了彻底消除争议、统一执法，对破产债权争议诉讼的性质及其收费标准如何确定，最高人民法院应当及时制定司法解释，以最终解决问题。
