根据《广东省高级人民法院关于审理农村集体土地出让、转让、出租用于非农业建设纠纷案件若干问题的指导意见》(粤高法发<2001>42号)第12条规定，当事人将农村村民住宅建设用地转让、出租或以合建形式变相转让农村村民住宅建设用地而签订的合同，一般应认定无效。因此小产权房的买卖实际上并不受法律保护。
虽然买卖合同无效，但不少小产权房的交易还是会签订购买或租赁协议。小产权房纠纷的案子时有发生，主要原因是：
(一)因为小产权房价格迅速上涨，村民反悔要求收回房屋。
(二)小产权房没有房产证，不能在银行抵押。
(三)小产权房没有经过质量验收，出现房屋质量问题，买受人的利益很难得到维护。
(四)小产权房在使用中如果遇到国家征收，买受人很难得到相应的拆迁补偿。如果遇到征收，补偿受益人是农村集体组织。如果小产权房本身属于违章建筑，买受人将无法得到任何补偿。
此外，还有一种以租代售的形式，双方以20年为期签订租赁协议，期满后再签。不过，尽管按照《合同法》，20年的租赁合同有效，但由于小产权房身份特殊，所签订的租赁合同仍然无效。
