1、查明翻供的原因。通过询问被告人，了解翻供的真实原因。因为被告人翻供的理由有真有假。要查明翻供的具体理由，对因刑讯逼供为由翻供的，要询问是何部门、何人、何时、何地、实施何种违法审讯行为等细节;对因记忆不清翻供的，要询问影响记忆的原因;对误解政策翻供的，要询问为什么误解及误解的深层次原因。翻供必须有理由，对理由要做出详细、合理的解释。
2、查明翻供的内容。通过审查翻供的前后说法，查明翻供与前供不一致的差别之处，看被告人是全部推翻前供，还是部分推翻前供;是在事实方面翻供，还是在某些量刑情节上翻供。确定翻供的真正内容后，再看翻供的内容是否详细、具体，进一步判断翻供的真伪。
3、变换角度反复询问，审查翻供的内容与其他证据是否印证一致。主要方法是抓住原供涉及的隐蔽情节，理清证据收集的时间先后顺序，进行理性分析，发现破绽步步紧逼。如被告人供述在先，且对隐蔽情节描述具体详细，通过侦查取得的证据与被告人原供一致，对被告人翻供则可认为是无理翻供。
4、抓住细节适时传唤同案人到庭质证。为防止被告人当庭串供，一定要选准时机和注意质证方法。质证主要还是应抓住案件细节，发现矛盾。因为翻供不可能在每一个细节都考虑得十分完善，在一些细节上可能有漏洞，不合乎生活的常识、常理、常情。如有的受贿案，被告人翻供时将受贿辩成是借款，有的仅是一面之交，借款几万没有借条，没有还款时间，借了几年从不催问，这就不符合常理、常情。质证出现的矛盾，可以打消被告人翻供，使其理屈词穷。
允许合理翻供，既是保障犯罪嫌疑人或被告人合法辩护权的需要，也是查清案件事实的需要。所以，侦查、司法机关应正确对待犯罪嫌疑人或被告人的翻供。既不能简单笼统地一概加以否定，也不能不顾已查明的案件事实和其它充分、确凿的证据来轻易肯定犯罪嫌疑人或被告人的翻供。我国刑事诉讼法的重证据、不轻信口供、严禁刑讯逼供的原则，应成为侦查、司法人员确定犯罪嫌疑人或被告人翻供是否有效的重要法律依据。
原则上只要行为人在任一诉讼阶段有推翻原供、拒不承认本人罪行行为的，即不应以自首认定；只有行为人在整个诉讼阶段自始至终如实供述本人罪行的，方可以自首认定。因为行为人只要有一次翻供行为，就表明其并没有悔罪之心，其主观恶性并没有真正消除或者减弱，对其从轻处罚的法律基础已经消失。
另外，司法机关还得耗费大量的人力、物力、财力去挖掘搜集其他证据来证明行为人犯罪的成立，因而自首的客观效果亦不复存在。鉴于行为人先前的供述行为没有保持必要的延续性，其积极效果已被其后的翻供行为所抵销，因此，自然就没有适用自首的余地。当然，行为人翻供后，司法机关经过侦查，没有找到其他充分的证据来证明行为人实施了犯罪行为，而行为人重新又如实供述的(包括在二审述)，则仍应认定为自首。
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