根据中国专利法第57条第2款的规定，在专利侵权诉讼中，如果专利涉及的是新产品的制造方法，则由被告承担证明其产品制造方法不同于专利方法的举证责任，这就是举证责任的倒置。
正确理解和运用举证责任的倒置必须弄清楚两个问题。一个问题是，倒置是否意味着原告可以不承担任何举证责任。另一个问题是，如何处理举证与保护被告商业秘密的关系。
按照中国的诉讼实践，举证责任的倒置并不是说原告不负任何举证责任，相反，原告要首先证明自己享有专利权，被告制造的产品与使用专利方法获得的产品相同，而且该产品是新的产品。
值得注意的是，判断是否为新产品的标准不同于授予专利权时所要求的“新颖性”标准。只要产品在专利申请日前是本国市场上所从未见过的，就可以认为是新产品。另外，是否为新产品，对原告的举证要求不高，一般情况下，只要在专利文件中提到是一种新产品的制造方法，或者在诉讼时有初步证据证明是一种在申请专利前市场上未曾见过的新产品即可。
在诉讼实践中，有的被告以自己实施的方法是商业秘密为由拒绝举证，有的法院以同样的理由不将被告的证据提供给原告进行质证。这些做法都是不正确的。
最高人民法院曾经对一起违反专利法关于方法专利举证责任倒置规定的案件，做出了发回重审的裁定，强调了专利法和司法解释有关举证责任的规定必须严格执行，不能以任何理由忽视诉讼程序上的公正，以避免出现错案。此案对中国专利诉讼有一定的指导作用。该案是一起涉外的纠纷案件，即美国伊莱利利公司与江苏豪森药业股份有限公司方法专利侵权纠纷上诉案。伊莱利利公司以一审法院违反民事诉讼法和专利法不进行开庭质证就将豪森公司提交的证据作为定案依据和其未尽到举证责任为由提出上诉。经审理，最高人民法院以一审法院采信未经双方当事人质证的证据，未能保障上诉人伊莱利利公司获得被上诉人豪森公司产品生产方法不同于专利方法的有关技术信息的正当诉讼权利，并以未经质证的证据作为委托技术鉴定的依据，违反了民事诉讼法关于证据应当经过庭审质证才能作为定案依据的规定，导致一审判决认定事实不清，证据不足，适用法律错误为由，撤销一审判决，发回原审高级人民法院重审。
在审判此案时，最高人民法院为了保护一审被告主张的商业秘密，采取了几项措施：一是不公开审理，不但排除了与当事人无关的公众的旁听，对当事人各方的参与庭审旁听的人员也进行了限制，只允许法定代表人和他的两名委托代理人，以及律师、必要的记录人员参与诉讼。同时允许各方当事人可以各聘请两名专家证人出庭，对案件涉及的专业技术问题进行说明。二是当庭发出命令，各方当事人不能就庭审所掌握的案件情况特别是对方提供质证的信息，进行披露、扩散和使用等未经授权的行为，否则应当属于故意侵权，应当承担更重的法律责任，甚至承担妨害诉讼的法律责任。三是就诉讼程序的进展，根据具体的诉讼请求逐渐扩大涉及当事人商业秘密的质证范围。[page]
综上所述，在涉及新产品的制造方法的专利侵权诉讼中，原告应当注意自己仍然要承担的举证责任，切不可以为不用举证而匆忙起诉，使自己在诉讼中处于被动地位。而被告应当注意利用最高人民法院的上述判决，充分保护自己在诉讼中的合法权益。
