要准确的运用证据认定职务犯罪，就必须把握住职务犯罪证据的特点，具体表现在：
1、主体的特定性。运用证据的主体是检察机关侦查、公诉部门和审判机关及其司法人员，其他任何机关团体和个人均无权进行相应的诉讼活动。
2、目的明确性。运用证据的目的就是正确认定案件事实，对案件作出正确处理。
3、手段的针对性。证据运用就是要针对侦查、起诉、或审判阶段的诉讼任务，依法按照一定的规则要求，运用经审查判断具有证明力的案内证据，正确认定案件真实情况，实现特定的诉讼目标。
4、程序合法性。
既然职务犯罪证据运用如此重要，我们首先就要在运用之前把握其中最基本的原则，那么这些原则都包含了什么内容呢？笔者认为主要的原则有以下几点：
重视证据不轻信口供原则，严禁刑讯逼供。这条原则是司法机关重要的实践经验。要对运用非法手段获取的证据坚决予以排除，从根本上杜绝非法证据在定案中的运用，遏制非法取证现象的发生要正确处理口供与其他证据之间的关系，科学运用口供在侦查破案中的作用。
查证属实原则。任何刑事证据必须要查证属实才能作为定案的依据，这是对定案证据的法律要求，也是由证据本身特征所决定的。
疑案从无、从轻原则。在实践过程中，罪与非罪界限不清或者事实不清、证据不足的以及此罪与彼罪难分的案件我们都是经常遇到的。坚持疑罪从无，就是针对罪与非罪，此罪与彼罪发生疑问时，即做从无处理。在我们实践过程中，一定要注意贯彻好这个原则。
除了以上三个原则外，运用证据还必须遵循忠于事实真相、直接证据与间接证据综合运用等原则。
在把握以上原则的同时，我们还需要了解一个比较重要的特殊情况，就是非法证据的取舍。非法证据是指有关司法人员违反法律规定的权限或程序，以违法方法取得的证据材料。非法证据能否作为证据运用，是刑事证据制度中最为复杂的命题。目前我国理论界就非法证据在刑事诉讼中能否采用存在较大的分歧。
笔者认为在司法实践过程中对于以下几种情况可以做一定的区别对待：
一是排除非法证据有危及国家政权、国家安全与统一等国家重大利益之虞的；
二是因取证时疏忽，缺少如签字、盖章等某种具体手续，或因特殊情况下未履行某种法律手续但不涉及公民人身权利或对公民人身权利侵害显著轻微，将这种证据材料排除不利于维护正常社会次序的；
三是以侵犯犯罪嫌疑人或被告人诉讼权利的方式取得的实物证据材料，犯罪嫌疑人或被告人申请采用的；
四是非法证据材料为无罪证据的；
五是综合各种因素而应当采用的其他证据材料。
综上所述，职务犯罪证据材料的收集和运用是一个需要全面和客观对待的庞大课题，在我们实践过程中需要不断深入思考和把握其中的内在联系，从而更好的还原客观真相。
