如果被告即行政机关认为原告即行政相对人起诉超过法定期限的，由被告承担举证责任。行政诉讼法关于起诉期限的规定要求行政机关在作出具体行政行为后告知相对人。根据《行政诉讼法》的规定，经过复议的案件，申请人不服复议决定的，应当在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起诉讼;公民、法人或者其他组织直接向人民法院起诉的，应当在知道作出具体行政行为之日起3个月内提出。超过法定期限不起诉的，应视为放弃诉权，法院不予受理。但因为不可抗力或者其他特殊情况耽误期限的，在障碍消除后10日内可以申请延长期限，由人民法院决定。对这里所规定的“收到”、“知道”，应该理解为确实收到、确实知道，即从公民、法人或者其他组织确实得知行政机关已经对其做出复议决定或具体行政行为的那一天起计算期限，这就要求行政机关在做出具体行政行为后要以适当的方式确实、明白无误地通知相对人，因此，当事人如因起诉期限发生争议，应由被告承担举证责任。
从审判实践来看，原告与被告对起诉是否超过起诉期限发生争议的情况，多数是由于被告未告知行政相对人诉权和起诉期限而引起的，少数是因为送达的时间发生争议而引起的。因此，有必要将证明原告起诉期限的举证责任分配给被告履行。之所以这样分配，是基于以下几个因素：首先，告知行政相对人诉权和起诉期限是行政机关的义务，倘若行政机关不能证明原告知道或应当知道，人民法院只能推定行政相对人不知道诉权和起诉期限。其次，行政机关向行政相对人直接送达行政处理决定，行政相对人收到通知后，应当在送达回证上签字或盖章;若拒绝签收，行政机关工作人员应记录在案，并由在场的人员签字或者盖章。如果通过邮寄送达或者公告送达，其应当具有邮寄的单据或者公告的报刊。倘若行政相对人已提供其不知道诉权和起诉期限的证据，被告认为其证据不真实，完全具有提出反驳的条件。再次，被告掌握起诉期限的全部环节。因此将举证责任分配给被告是公平的。
依据指引：
①《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》(2002年7月24日)
第四条 公民、法人或者其他组织向人民法院起诉时，应当提供其符合起诉条件的相应的证据材料。
在起诉被告不作为的案件中，原告应当提供其在行政程序中曾经提出申请的证据材料。但有下列情形的除外：
(一)被告应当依职权主动履行法定职责的;
(二)原告因被告受理申请的登记制度不完备等正当事由不能提供相关证据材料并能够作出合理说明的。[page]
被告认为原告起诉超过法定期限的，由被告承担举证责任。
②《中华人民共和国行政诉讼法》(1989年4月4日)
第三十八条 公民、法人或者其他组织向行政机关申请复议的，复议机关应当在收到申请书之日起两个月内作出决定。法律、法规另有规定的除外。
申请人不服复议决定的，可以在收到复议决定书之_日起15日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起15日内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。
第三十九条 公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起3个月内提出。法律另有规定的除外。
③《最高人民法院关于执行(中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释)(2000年3月8日)
第四十一条 行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过2年。
复议决定未告知公民、法人或者其他组织诉权或者法定起诉期限的，适用前款规定。
第四十二条 公民、法人或者其他组织不知道行政机关作出的具体行政行为内容的，其起诉期限从知道或者应当知道该具体行政行为内容之日起计算。对涉及不动产的具体行政行为从作出之日起超过20年、其他具体行政行为从作出之日起超过5年提起诉讼的，人民法院不予受理。
第四十三条 由于不属于起诉人自身的原因超过起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期间内。因人身自由受到限制而不能提起诉讼的，被限制人身自由的时间不计算在起诉期间内。
