1、医患双方自行协商解决。《医疗事故处理办法》第11条规定：“病员及其家属和医疗单位对医疗事故或事件的确认和处理有争议时，可提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门处理。”所谓“确认和处理有争议”，是指病员或其家属和医疗单位对诊疗护理过程中发生的病员死亡、残废等不良后果，在认识上不一致，即在定性上有不同认识，以及双方在认定性质上无分歧，即都认为属于医疗事故，但在处理上却各持不同意见。即使如此，当医疗事故或事件发生后，也首先要通过医疗单位和病员或其家属自行协商的方式予以确认和解决，而不应跨越这一步骤直接提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门进行处理。
2、卫生行政部门的处理。医疗事故纠纷，经医疗单位和病员及其家属通过自行协商，对医疗事故的确认(即定性)和处理不能达成协议时，应由当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定之后，由卫生行政部门进行处理。
3、诉讼解决。所谓诉讼解决，是指通过人民法院的审理来解决医疗事故纠纷。诉讼解决可分为民事诉讼解决、刑事诉讼解决和行政诉讼解决三种途径。
（1）民事诉讼解决。《医疗事故处理办法》第11条规定“对医疗事故技术鉴定委员会所作的结论或者对卫生行政部门所作的处理不服的，病员及其家属和医疗单位均可在接到结论或者处理通知书之日起15日内，向上一级医疗事故技术鉴定委员会申请重新鉴定或者向上一级卫生行政部门申请复议;也可以直接向当地人民法院起诉。”法律赋予每个公民向人民法院起诉，通过诉讼程序解决医疗事故纠纷的权利。
（2）刑事诉讼解决。1997年3月14日全国人大通过的修订后的《刑法》，增设了第335条医疗事故罪，即“医务人员由于严重不负责任，造成就诊人员死亡或者严重损害就诊人员身体健康的，处3年以下有期徒刑或者拘役”。这时，就应适用刑事诉讼程序。
（3）行政诉讼解决。如果对上一级医疗事故技术鉴定和卫生行政部门的复议决定不服的，仍可对作出复议决定的卫生行政机关向人民法院提起行政诉讼。行政诉讼通俗称为“民告官”，因此，行政诉讼的被告必须是行政机关，而不是公民、企业、事业单位或者社会团体，否则就不称其为行政诉讼。
第一，证据的检验。首先，病员的病历是记载病情发展过程、记录医生医治方法和思路、反映医生责任心的最原始的资料。为了查明事故真相，必须对病历进行文件检验以判断病历是否被涂改。其次，对现场勘察提取的药品、药瓶和残存的药液、病员的血液、尿液及分泌物做药物分析和标本。再次，如果怀疑病员错输异型血、怀疑换错新生儿、怀疑同种异体器官移植不当，则需要做血型检验。最后，若怀疑事故是由医疗设备故障造成，则需请专业人员对医疗设备及医疗器械等进行检验，以确定是否存在设计缺陷，有无机械故障或电路故障等。
第二，对活体进行检查，对尸体进行解剖。对活体进行检查是指对患者进行体格检查以确定患者是否残废，是否有组织器官损害导致的功能障碍，确定残废的程度及功能障碍的程度，为医疗事故的正确处理提供客观、科学的依据。对尸体进行尸检主要是对尸体进行病理解剖和法医解剖，以确定死亡的原因。
第三，对医疗单位负责人、责任医务人员、病员及其亲属、在场病友等的调查访问，针对医学疑难问题咨询医学权威等。在处理医疗事故过程中，不应忽视对医患双方的询问。因为对医患双方进行询问可以得到一些对医疗事故处理有用的信息，而且可以更好地消除医患双方的矛盾，沟通双方，以使医疗事故顺利得以解决。
1、接待环节：接待来访者的首要问题是使来访者建立起信赖感。无论有无医疗过失，都要向病人或家属表示慰问，态度诚恳热情，即使对方发怒或语言不逊，也要疏导、说服，切勿动怒。对初访者一定要耐心听，认真记，尽量多搜集与纠纷有关的材料，为开展调查提供依据。对问题不要轻易做肯定或否定的回答。来访者陈述意见时不要打断，不要插话或者做不必要的解释，防止误认为是包庇、袒护。最后必须根据事实做结论，只有周密的调查研究才能做出正确的分析判断。因此，病历、实物、现场需妥善保存和保护。
2、尸体解剖环节：家属流露出对医疗过程有不满时，有关医务人员就要有所准备，病员死后书面通知并引导家属进行尸检。根据相关规定，尸检要由卫生行政部门认可的专门机构和有资格的人员进行，目的是分析诊断死因，查明有无过失，手术是否误伤器官等，为鉴定和处理争议提供客观依据。
3、善后处理环节：善后处理一定要不徇私情，坚持原则，力求定性准确，处理恰当，结案迅速，不留尾巴。这就要争取病员或亲属的谅解、配合和支持，紧紧依靠当地政府和社会各有关部门。在达成协议的基础上最好履行公证手续，签订公证协议书，以免反复，使协议具有法律效力。
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