由于医疗损害赔偿属于民事纠纷，那么一般情况下有以下三种处理途径：
首先，医患双方可以协商解决;
其次，不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门、人民调解委员会等第三方提出调解申请;
最后，可以直接向人民法院提起民事诉讼。
一、协商解决
发生了医疗纠纷，并不一定都需要通过繁复的法律程序来确定赔偿。有的时候，如果医患双方都实事求是、通情达理，患者或者患者家属与医院可以和平协商解决医疗事故的赔偿及善后事宜。
当然，双方当事人协商解决医疗事故赔偿等民事责任有争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认可的事实以及协商确定的赔偿数额等，至于具体内容，双方可以灵活掌握，并由双方当事人在协议书上签名。这样一来，有凭有据，白纸黑字，清清楚楚。
协商解决这一途径需要医患双方都保持一定的克制和理性，在心平气和的状态下进行，而这正是大多数医疗纠纷的当事人双方所缺少的，尤其是近年来，大量“医闹”事件的发生，激化了医患矛盾，不理性的做法也使得医患双方难以坐下来好好谈。另外协商解决医疗损害赔偿问题缺少强制力的保障，协商完成后双方当事人都有可能反悔，导致协商结果无法落实，重新走向法律程序，反而更浪费此前的努力。
二、第三方调解
协商需要医患双方共同努力促成，医患双方在自行沟通无效的情况下，还可以寻求第三方介入调解，常见的是行政调解和人民调解委员会调解。
比如在一些较为严重的医疗纠纷中，甚至在构成医疗事故的情况下，如果医疗事故已经认定，而医患双方就最终赔偿数额达不成一致意见的话，医患双方可以向卫生行政部门即当地卫生局提出调解申请，由卫生局委托有关医学会做医疗事故技术鉴定，以确定是否构成医疗事故以及构成几级医疗事故等，并最后依此确定赔偿数额。
医疗纠纷人民调解委员会，简称医调委，是依法设立的专业从事医疗纠纷调解的群众性组织。医调委调解医疗纠纷，不收取任何费用。对于需要进行相关鉴定以明确责任的，经双方同意，医疗纠纷人民调解委员会可以委托有法定资质的专业鉴定机构进行鉴定。调解成功的一般应当制作人民调解协议书，人民调解委员会应当督促当事人履行协议。
卫生行政部门或者人民调解委员会的参与有助于医患双方在专业人士的指导下快速地解决纠纷，患方也可以尽早得到赔偿，减少等待时间。尤其对比医疗纠纷诉讼中的举证难、鉴定慢等情况，第三方介入调解无疑是纠纷解决的绿色通道。当然，若达不成协议，或达成协议后反悔，再行提起诉讼，也可能反而拖延赔偿纠纷的处理。到底是先行申请行政调解还是直接寻求司法救济，当事人应当结合具体情况进行选择。
