为了保障医疗事故技术鉴定的科学公正性，《医疗事故处理条例》将医疗事故技术鉴定的组织工作交由社会团体组织医学会来进行。医学会有三级，其在医疗事故技术鉴定中的具体分工为：市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会，负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。实际操作中，中华医学会组织鉴定的案例很少，通常都是由两级地方医学会进行鉴定，有时医患双方经过协商一致，也可以直接向省、自治区、直辖市地方医学会申请进行首次医疗事故技术鉴定。
我国的《医疗事故处理条例》规定:设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。也就是说，如果发生医疗纠纷的地点如果是一个市辖区的，那么就是在该区的医学会负责医疗事故鉴定工作;如果发生医疗事故的地点是不设区的市，或者县的，医疗事故鉴定机构应当就是当地的市、县的卫生局的医学会。。
由于是分级鉴定的，鉴定后出具的医疗事故鉴定书，分别是XX市XX区医疗事故鉴定书，或者是XX市、XX县医疗事故鉴定书!
如果对初次的医疗事故鉴定结论不服的，往往都在鉴定文书的最后一页，规定当事人可以在15日内，向省、自治区、直辖市医学会，提出再次鉴定的申请，由省级医学会负责再次组织鉴定工作。这就是第二级医疗事故鉴定。
省级医疗事故鉴定的程序与市县级医疗事故鉴定的程序相同，鉴定机构往往设定在各地省会、直辖市卫生局、或者医学会，出具的医疗事故鉴定被告为:XX省(自治区)医疗事故鉴定书。
医疗技术鉴定机构也分为民间鉴定机构、行政鉴定机构、司法鉴定机构。民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。行政鉴定机构主要是指医学会，是《医疗事故处理条例》这一行政法规指定的行政鉴定机构。司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。
这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。也有些司法鉴定机构办理非诉讼鉴定案件。各种鉴定机构各有利弊。民间鉴定机构作为纯市场主体，其优点是服务意识较强，委托人或许能有一点“上帝”感，其缺点在于片面性，结论不易被采信。
医学会的优势在于医疗技术力量雄厚，其劣势在于同行情结与法律欠缺，其缺点在行政处理时还能被掩盖，但受法院委托从事司法鉴定时总难免暴露出来。医学会鉴定多数时候显得同行相护，个别情况同行相侵;鉴定人不署名、不出庭使鉴定结论作为证据具有致命的程序缺陷;鉴定结论总是注重是否医疗事故，对案件来说往往答非所问。司法鉴定的优势在于中立性强，与案件处理的协调性强，缺点在于医疗技术力量不充分，常常需要聘请专家，费用较大，否则可能因技术不全面而影响鉴定的科学性。
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