一：鉴定人员基本上由当地医疗机构专家担任，不可避免地导致了被鉴定者之间会出现同事关系、师生关系、同学关系。
二：目前大部分医疗事故鉴定机构经费不足，有的只能靠外借人员开展工作，这必将会对医疗事故鉴定带来影响。
三：有些鉴定的实际支出已经超过收取的鉴定费，可是还要按鉴定费10％～20％比例上缴财政，这对鉴定质量有不利影响。
四：按规定有的鉴定应随机抽取法医参加专家鉴定组，但实际难以执行。
五：在实际操作中鉴定会往往不能如期举行和作出鉴定结论。
六：《医疗事故处理条例》明确了受理鉴定后的工作时限，但却没有规定应在什么时限内受理。
七：《医疗事故处理条例》要求对有关的医疗物品进行封存及送检，但没有明确如何查封。
八：《医疗事故处理条例》对发生医疗事故的单位和个人的处理均作出明确的规定，但对经医患双方协商解决，而又未经医学会鉴定的医案应如何认定其责任和处理没有作指引。
九：司法规定举证责任倒置，它减轻了患者的举证责任，加大了医疗机构的举证责任。医疗机构也可能遇到举证难的问题。
十：司法实践中在特定情况下实行无过错赔偿，与《医疗事故处理条例》的规定有矛盾。
