医疗合同的效力是通过医患双方各自义务的履行来实现的，并且，权利和义务是一对相互依存的哲学范畴，合同中一方的权利也就是一方的义务。因此，医疗合同的内容完全可以通过对双方义务的诠释予以揭示。
一般说来医方应履行如下义务：
(1)根据1994年9月2日卫生部《医疗机构基本标准(试行)》，医院应当按照其等级的相应要求，具备专业知识、技能的医师和护理人员，必须提供医疗所必需的设备及安全设施，并对其进行安全管理，使病人免于火灾、自杀、行动伤害或传染病传染的危害。
(2)医疗及转医义务。医生应对求诊的病者，依患者告知的病状以及过去的病历，经过问诊、听诊等物理学上的诊断检查、作出初步的诊断结论，并综合而最适切地实施治疗行为，如果在对患者进行诊断后发现自己无力治疗，应将患者转至有条件加以治疗的医院。须强调的是，医生在此只要尽善良管理人之注意，尽其所能，即使不能发生治愈的结果，也属于义务履行完毕但包医除外。
(3)告知(说明)并取得患者同意的义务。无论是手术、药物疗法，医疗行为本质上是一种侵袭行为，故基于保护患者的生命权和健康权，只有取得患者的同意，才能使医疗行为正当化，即构成违法行为的阻却要件。而有效同意的取得，必须以医生尽告知医疗的范围、性质、危险等义务前提，这也是民法意思自治及诚信原则的要求，但同时也应当承认医生具有一定程度的裁量权。如果说明的结果将导致病患病情的重大恶化，或者造成医疗进程的过分烦琐、效率低下，医生的告知义务可得一定程度的免除。此处应当提及的是，告知的对象不应仅限于患者，医生应尽善良管理人之注意，因而在告知患者可能引起不良后果时，将相关情形告知患者家属即可。
(4)保密及报告义务。保密义务实际上是一种附生的义务，这是因为在医疗行为实施过程中，医生经常会掌握患者的一些隐私，而基于病患之间的忠诚及信赖关系，医生就负有不得揭露所获知的事实的义务，如果违反此项保密义务，除应承担行政责任以及刑事责任外，仍应当负民事赔偿责任。但在一种情况下是例外的，即当患者的秘密涉及公共利益时，医生非但不得予以保密，还应当及时向有关部门报告。例如，病人患有爱滋病，根据民法的公序良俗原则医生应向卫生主管机关报告。
(5)在提供医疗服务过程中遵守我国参加的国际公约、条约，国内相关的法律、法规、技术性规章、医院的规章制度以及医疗常规的义务。医疗单位对我国已参加的国际卫生组织有关患者权利的公约、条约应当严格遵守，对于国内的相关法律、法规如《药品管理法》《执业医师法》等中关于医方义务的规定也不得违背。
(6)其它约定义务。若非违反了法律、法规的规定，医患双方在医疗合同中约定的其它义务医方也应遵行不悖。
患者的义务：
(1)接受诊治。病人在医疗合同成立以后，应按约定的时间(挂号单上确定的有效期限)前往医院进行门诊或进行治疗，否则就属于违约，即无权就此挂号单要求医院履行义务或返还挂号费。如果患者拒绝受诊或终止受诊，且不存在可归责于医院的事由时，医疗合同归于消灭。
(2)遵医嘱。医院的医治效果取决于医患双方的共同配合，因此患者除了按指定的时间到达医院接受治疗外，还应在治疗期间遵守医嘱，如果患者没有按医生嘱咐的事项进行而要求医生承担造成不良后果的责任，显然于理难容。
(3)支付医疗费。患者在接受医疗之后，不论结果如何都应当支付医疗费用(“包疗合同”除外)医方应当开列明细的清单交予病人，除非有滥收、错收的情况，患者应如数缴付。医疗费的支付时间，如有特别约定时从约定，无特别约定则从习惯，二者都没有时，一般在医疗行为完成时支付。
此处还应当特别提及的是关于医疗合同中的违约金及医方的免责条款的问题。就一般的合同而言，在订约之时双方当事人可以依自己的意思约定违约金，但医疗债务为一种手段债务而非结果债务，所以很难以未达到合同结果为由设定违约金，在现实中也少有人采用此方式，毕竟其可操作性较差。至于当事人所设定的免责条款，主要涉及的是当事人之间的利益分配问题，其内容不得违背法律的规定和社会公共利益，不得排除当事人故意或重大过失应承担的责任，不得否定合同双方应承担的基本义务，必须符合公平合理性条件的要求，否则该约定条款无效。
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