1.保障资金来源不足。
建立完善的社会保障制度，最重要的就是解决筹资来源问题。首先是政府不可能从财政收入中拿出一大块用于农村社会保障。1991年我国城镇居民的人均社会保障支出为455元，如果参照这一标准，农村也实行同样待遇的社会保障，那就意味着国家每年将增加支出4550亿元。与增加4550亿元用于农村社会保障相比，国家会更愿意将这笔钱用于“反贫困”、促进经济发展，更何况即使在1998年，中央财政收入也才5483亿元。因此在“发展优先与效率优先”原则的指导下，政府尚无足够能力建立农村社会保障制度。其次随着农村“费改税”的开展，乡镇财政、集体收入锐减，从试点情况来看，集体可支配收入减少，甚至出现收不抵支，因此集体、农民也负担有限。而要在广大农村建立起统一的社会保险筹资制度还需很长时间，征收社会保障税的办法也不可行。
2.区域经济发展的不平衡，很难建立统一的农村社会保障。
我国区域经济发展极不平衡，形成了东部、中部、西部的收入梯度，1995年，东、中、西部的收入比为1：0.72：0.43，并且这种不平衡还有继续增大的趋势。而区域内部因乡村劳动力的急剧分化和大规模的非农化、职工化，农民对社会保障的要求也不一样，这就给建立一个统一的农村社会保障，即农村社会保障的主体、项目、资金筹集、管理方式、待遇标准等方面的统一设置了客观障碍。
